结论：合同和总部签署但在子公司工作的情况下，工资是否由子公司发放，这主要取决于合同中的具体约定以及实际履行情况，但通常情况下，若合同未特别约定且子公司实际承担了工资发放义务，则工资会由子公司发放。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合同明确约定：如果与总部签署的劳动合同中明确约定了工资由子公司发放，或者虽然合同未直接约定但后续通过补充协议、邮件、通知等形式明确了这一点，那么工资应当由子公司发放。
   • 合同未明确约定：若合同中并未明确约定工资发放主体，那么需要结合实际履行情况来判断。

2. 实际履行角度：

   • 子公司实际发放：如果在实际工作中，工资一直是由子公司发放，且员工也接受了这种发放方式，那么可以认为工资发放主体是子公司。这种情况下，即使合同是与总部签署的，也不影响子公司作为工资发放主体的实际地位。
   • 总部或关联方发放：如果工资实际上是由总部或其他关联方发放，那么工资发放主体就是总部或该关联方。这种情况可能较少见，但并非不可能，特别是当子公司财务不独立或总部对子公司有较强控制力时。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：无论工资由谁发放，重要的是要确保工资按时足额支付。如果工资发放出现问题，如拖欠、克扣等，员工有权依据劳动合同和相关法律法规维护自己的合法权益。
   • 建议：对于员工而言，建议在签署劳动合同时仔细阅读合同条款，特别是关于工资发放的约定。如果合同中未明确约定或约定不明确，可以与用人单位（可能是总部或子公司）进行沟通确认，并保留好相关证据（如工资条、银行转账记录等）。如果在实际工作中发现工资发放主体与合同约定不符或存在其他问题，应及时向用人单位提出异议并寻求解决方案。

额外提醒：在劳动关系中，除了工资发放问题外，还有许多其他重要事项需要关注，如社会保险缴纳、福利待遇、工作时间与休息休假等。因此，建议员工在签署劳动合同时务必全面了解合同内容，并在实际工作中保持警惕，确保自己的合法权益得到充分保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。