结论：上班13小时扣除半小时作为工作餐时间是否合理，需结合具体的工作制度、劳动合同以及相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了工作时间、休息时间以及工作餐时间的安排，并且约定扣除半小时作为工作餐时间是双方协商一致的结果，那么这种扣除是合理的。
- 如果劳动合同中没有明确约定，但公司规章制度中有相关规定，并且该规章制度已经向员工公示或告知，员工也未提出异议，那么这种扣除也可能被视为合理。
规章制度合法性：
- 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。如果规章制度中的扣除时间规定违反了法律法规，那么这种扣除是不合理的。
二、从法律法规的角度
工作时间规定：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果因特殊原因需要延长工作时间，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
- 在您的情况下，如果上班13小时已经超过了法定工作时间，那么公司应当支付加班费，而不是通过扣除工作餐时间来规避这一责任。
休息时间规定：
- 劳动者在连续工作一定时间后，有权享受休息时间。工作餐时间通常被视为休息时间的一部分，但不应被用于抵扣正常的工作时间。
- 如果公司扣除半小时作为工作餐时间，并且这半小时原本应计入工作时间或休息时间，那么这种扣除可能侵犯了员工的休息权。
三、从实际操作和公平性的角度
实际操作：
- 在实际操作中，公司应当明确工作餐时间的安排，并确保员工有足够的时间享用工作餐。如果扣除半小时作为工作餐时间导致员工无法正常用餐或影响工作效率，那么这种扣除是不合理的。
公平性：
- 公司应当公平对待所有员工，确保扣除工作餐时间的政策对所有员工一视同仁。如果公司对某些员工扣除工作餐时间而对其他员工不扣除，或者扣除的时间长度不一致，那么这种做法可能缺乏公平性。
四、建议与行动
- 审查劳动合同和规章制度：首先，建议您仔细审查自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于工作时间、休息时间以及工作餐时间的具体规定。
- 与公司沟通：如果您认为扣除半小时作为工作餐时间不合理，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达您的意见和诉求。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，您可以考虑咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于劳动纠纷领域），了解自己的权益和可能的法律途径。
示例说明：假设您的劳动合同中明确规定了每日工作时间为8小时，且没有提及工作餐时间的扣除。而公司却在实际操作中扣除半小时作为工作餐时间，并且这半小时原本应计入工作时间。在这种情况下，公司的做法显然是不合理的，您有权要求公司纠正这一做法并支付相应的加班费。