行政补偿协议是可以进行调解的。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条的明确规定，人民法院在审理行政案件时，虽然原则上不适用调解，但行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件却属于例外，可以进行调解。这一规定为行政补偿协议的调解提供了坚实的法律基础。
二、行政补偿调解的可行性与优势
性质的特殊性：
- 行政补偿是行政机关因合法行为（如公共利益需要而征收、征用财产）给公民、法人或其他组织造成损失时，依法给予的补偿。其核心在于对受损权益的补救，主要涉及财产权益的补偿问题。这种特殊性使得在补偿数额、补偿方式等问题上存在较大的协商和调解空间。
提高行政效率与降低司法成本：
- 调解机制能够促使双方在平等、自愿的基础上进行协商，寻求都能接受的解决方案。这不仅可以避免冗长的诉讼程序，节省大量的时间、人力和物力资源，还能提高行政效率，使行政机关将更多精力投入到日常管理工作中。同时，对于法院而言，调解也能减轻案件审理负担，降低司法成本。
化解矛盾与维护社会稳定：
- 行政补偿案件往往伴随着公民、法人或其他组织与行政机关之间的矛盾和冲突。通过调解，双方可以充分表达自己的诉求和意见，在互谅互让的基础上达成和解。这有助于有效化解矛盾，维护社会的和谐稳定。
三、调解过程与法律效力
调解过程：
- 在行政补偿过程中，双方当事人可以在自愿、合法的基础上提出调解申请。行政机关应在法律规定的范围内，与补偿请求人就补偿方式、补偿数额等进行协商，力求达成双方都能接受的调解协议。
调解协议的法律效力：
- 一旦调解协议经双方当事人签字认可，即具有法律效力。这意味着双方应严格遵守协议内容，履行各自义务。如果一方违反协议，另一方有权依法追究其责任。调解协议的法律效力确保了调解结果的稳定性和可执行性。
四、调解不成时的处理
如果当事人不愿意调解或者调解不成，仍可以通过诉讼等法定途径解决行政补偿问题。此时，法院将根据相关法律法规对案件进行审理并作出判决。这为当事人提供了多种解决纠纷的途径，确保了其合法权益的得到有效维护。
总结：行政补偿协议是可以进行调解的，这不仅符合法律法规的规定，而且在实践中具有重要意义。它能够高效解决纠纷、降低司法成本，还能有效化解社会矛盾、维护社会稳定。因此，在处理行政补偿案件时，应充分考虑调解这一解决方式的可能性与优势。