与公司达成的赔偿协议不能直接作为申请工伤的证据。下面我将对此进行详细分析：
一. 赔偿协议的性质
- 属于民事协议：你与公司之间达成的赔偿协议，本质上是一种民事协议，它主要体现了双方对于赔偿事项的约定和承诺。
- 不涉及工伤认定：该协议并不直接涉及工伤的认定，也不能作为工伤认定的直接证据。工伤认定需要依据法定的程序和标准进行。
二. 工伤认定的证据要求
- 法定证据：根据《工伤保险条例》的相关规定，申请工伤认定需要提交一系列法定证据，如工伤事故报告、医疗证明、劳动关系证明等。
- 严格程序：工伤认定需要经过严格的程序，包括申请、调查、核实、认定等环节，赔偿协议并不包含在这些法定证据和程序中。
三. 赔偿协议与工伤认定的关系
- 不互相替代：赔偿协议是解决赔偿问题的民事约定，而工伤认定是依据法律法规进行的行政确认，两者性质不同，不能互相替代。
- 可能作为参考：虽然赔偿协议不能直接作为工伤认定的证据，但在某些情况下，它可能作为处理工伤事故的一个参考因素，尤其是当协议中涉及的事故描述与工伤认定相关时。
我建议：如果你需要申请工伤认定，应该按照《工伤保险条例》的规定，准备齐全的法定证据，并按照法定程序进行申请。赔偿协议虽然不能直接作为工伤认定的证据，但可以作为你与公司之间就赔偿问题达成一致的证明。如有进一步需要，您可以继续咨询我。