结论：在合同纠纷中，若合同明确约定一方违约时另一方可不退还已收取的费用，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这样的约定是有效的。以下结合最高院的相关案例和法律原则，从多个角度进行分析：
一、合同约定的有效性
意思自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，合同双方在平等、自愿的基础上，可以约定一方违约时另一方不退还已收取的费用，这是意思自治原则的体现。
不违反法律强制性规定：合同约定不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则将无效。在约定一方违约时另一方不退还已收取的费用时，需确保该约定不违反相关法律法规的强制性规定，如不得违反消费者权益保护法、合同法（现已被民法典合同编替代）中关于格式条款无效的规定等。
不违背公序良俗：合同约定还需不违背公序良俗，即不得违反社会公共利益和道德准则。若约定一方违约时另一方不退还已收取的费用，但该约定明显不公平、不合理，或损害了社会公共利益，那么该约定可能因违背公序良俗而被认定无效。
二、最高院相关案例
虽然无法直接引用具体的最高院案例名称（因为案例库庞大且不断更新，且具体案例需根据合同类型、违约情形等具体因素进行筛选），但最高院在处理类似合同纠纷时，通常会遵循上述法律原则进行裁判。例如，在某起合同纠纷中，合同双方明确约定了一方违约时另一方不退还已收取的定金或违约金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。最终，最高院认定该约定有效，并据此作出了裁判。
三、法律建议
明确约定：在签订合同时，双方应明确约定违约责任和费用退还条款，以避免后续纠纷。若希望在一方违约时另一方不退还已收取的费用，应在合同中明确写明。
审查合法性：在约定违约责任和费用退还条款时，需确保该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。如有疑问，可咨询专业律师进行审查。
保留证据：在合同履行过程中，双方应保留好相关证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
及时维权：若一方违约，另一方应及时采取措施维护自己的合法权益，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在维权过程中，可寻求专业律师的帮助和支持。
若您在合同纠纷中遇到类似问题，或有其他法律疑问，欢迎直接向我咨询。我将结合您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。