用人单位对支付令提出异议后，案件会转入诉讼程序，而非劳动仲裁。以下是详细解释：
法律依据与流程说明
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，支付令是人民法院根据债权人的申请，向债务人发出的限期履行给付金钱或有价证券义务的法律文书。若债务人在法定期限内（通常为15日）对支付令提出书面异议，且异议成立（如债务人否认债务存在、债务数额不符或已履行等），支付令将自行失效，债权人不能直接依据支付令申请强制执行。
此时，债权人需通过诉讼程序来维护自身权益。具体流程为：债权人需向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，由法院依法审理并作出判决。若判决支持债权人的诉求，债权人可依据生效判决申请强制执行。
劳动仲裁与诉讼的区别与联系
性质与适用范围：
- 劳动仲裁是劳动争议处理的前置程序，主要解决因劳动合同、工资、福利、工伤等劳动权益争议。
- 诉讼则是司法程序，适用于各类民事纠纷，包括但不限于劳动争议。在劳动争议中，若当事人对仲裁裁决不服，可向人民法院提起诉讼。
程序启动与效力：
- 劳动仲裁需由当事人向劳动争议仲裁委员会申请，仲裁裁决具有法律效力，但当事人可在法定期限内向法院提起诉讼以撤销或变更裁决。
- 诉讼则直接由法院受理，法院判决具有终局性，当事人需履行判决义务，否则可申请强制执行。
在支付令异议后的应用：
- 当用人单位对支付令提出异议且异议成立时，支付令失效，债权人（如劳动者）需通过诉讼程序来追讨欠薪或赔偿。此时，劳动仲裁已不再是必要的前置程序，因为支付令程序本身已绕过了仲裁阶段。
实际操作建议
- 及时准备诉讼材料：若用人单位对支付令提出异议且异议成立，劳动者应尽快收集相关证据（如劳动合同、工资单、工伤认定书等），准备起诉状，并向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 关注诉讼时效：劳动者需注意诉讼时效问题，确保在法定期限内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
- 寻求专业法律帮助：劳动争议案件涉及法律条款众多，程序复杂，劳动者在诉讼过程中可寻求专业律师的帮助，以提高胜诉几率。
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