若公司对支付令提出异议，支付令将自行失效，此时您需通过诉讼程序来主张债权。具体分析如下：

1. 支付令异议的效力
   根据《民事诉讼法》第224条，债务人（公司）自收到支付令之日起15日内，可向发出支付令的法院提出书面异议。异议内容无需具体，只要表明不认可债权债务关系即可导致支付令失效。例如，公司可主张“不存在该笔债务”“金额计算错误”或“已履行部分义务”等，法院经审查认为异议成立的，将裁定终结督促程序，支付令自动失效。

2. 支付令失效后的法律后果
   支付令失效后，案件不会进入强制执行程序。此时，您需在15日异议期满后向法院提起民事诉讼（如借款合同纠纷、买卖合同纠纷等），通过诉讼程序确认债权并申请强制执行。若未在异议期满后及时起诉，可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

3. 应对策略建议

   • 提前准备证据：在申请支付令前，需确保债权凭证（如合同、对账单、转账记录等）完整、合法，以应对公司可能的异议。
     
   • 异议期内的应对：若公司提出异议，可分析异议理由是否成立。若异议明显无依据（如公司仅口头否认但无证据），可在诉讼中主张其滥用异议权；若异议涉及事实争议（如债务金额），需在诉讼中重点举证。
     
   • 诉讼程序优化：起诉时可申请财产保全，防止公司转移资产；若公司存在恶意异议，可主张其承担诉讼费用或赔偿因拖延导致的损失。

总结：支付令异议是公司的法定权利，一旦提出，支付令即失效。您需及时通过诉讼程序主张债权，并做好证据准备和诉讼策略规划。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。