结论：离职最后一天旷工是否会影响办理离职，需结合公司规章制度、劳动合同条款及旷工后果综合判断，具体分为以下几种情况：

一、公司规章制度对旷工的明确规定

1. 若公司规定“旷工一天即视为严重违纪”
   根据《劳动合同法》第三十九条，公司有权以“严重违反规章制度”为由单方解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。此时，离职流程可能转为被动办理（如公司直接出具解除通知），您需配合完成退工手续，但可能因违纪记录影响离职证明内容（如注明“因旷工解除”）。

2. 若公司未明确规定旷工后果
   公司仍可依据《劳动法》第二十五条或《劳动合同法实施条例》第十九条，以“严重违反劳动纪律”为由解除合同，但需证明旷工行为达到“严重”程度（如影响工作秩序、造成损失等）。若无法证明，您可能仍可按原计划办理离职，但需承担旷工期间的工资扣减（通常按日工资的200%-300%扣除）。

二、主动离职流程的合规性

1. 若您已提交书面辞职申请
   即使离职最后一天旷工，公司仍需按《劳动合同法》第三十七条，在您提前30日（试用期3日）通知后办理离职手续。但旷工可能触发公司内部处罚（如扣薪、警告），并影响离职证明的开具（如公司拒绝出具或注明违纪情况）。

2. 若您未提交书面辞职申请
   旷工可能导致公司以“自动离职”处理，此时您需主动联系公司协商补办手续，否则可能面临社保断缴、工资结算延迟等风险。若公司拒绝协商，您可通过劳动仲裁主张权利，但需承担举证责任（如证明旷工存在合理理由）。

三、旷工后离职的特殊场景处理

1. 公司已启动违纪处理程序
   若公司因旷工发出解除通知，您应优先配合完成离职手续（如归还财物、交接工作），但可核查程序是否合规：

   • 通知工会程序：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十七条，公司解除合同需事先通知工会，否则可能被认定为违法解除，您可主张赔偿金（2N倍月工资）。
     
   • 证据保留：保存考勤记录、沟通邮件等材料，以备维权使用。

2. 协商解除的可能性
   您可尝试与公司沟通，将旷工转化为协商一致解除合同，争取经济补偿金（N倍月工资）。需签订书面协议，明确双方权利义务终止及补偿金额，避免后续纠纷。

四、法律风险与应对建议

1. 潜在风险

   • 离职证明负面评价：公司可能在离职证明中注明旷工记录，影响您未来就业（如背景调查）。
     
   • 赔偿责任：若旷工导致公司损失（如项目延误、客户流失），公司可能要求您赔偿，您需承担举证责任（如证明损失与旷工无直接关联）。
     
   • 社保断缴：若公司因旷工拒绝办理社保减员，您需及时催促，否则可能影响医保、公积金等权益。

2. 应对策略

   • 优先沟通：向主管说明旷工原因（如突发疾病、家庭紧急情况），争取谅解并补办请假手续。
     
   • 保留证据：保存考勤记录、沟通邮件、医疗证明等材料，以备维权使用。
     
   • 法律咨询：若涉及复杂纠纷（如公司违法解除、拒开离职证明），可直接向我咨询，评估仲裁胜算并制定维权方案。

总结与建议

• 最优方案：即使决定离职，也应按流程提交辞职信并完成交接，避免因旷工激化矛盾。
  
• 底线原则：确保离职手续合法合规，保障社保转移、工资结算等基本权益。
  
• 争议处理：若公司对旷工处罚过重，可通过劳动仲裁维护合法权益，但需注意时效（一般为争议发生之日起一年内）。
  

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。