结论：行政机关在发现当事人偷偷运走被扣押物品后，一般不能直接责令当事人再运回来，但可以采取其他合法措施来应对这一行为。
分析说明：
行政机关扣押物品的法律依据与程序：
- 行政机关在依法执行职务时，有权对涉嫌违法的物品进行扣押，这是行政强制措施的一种。扣押物品必须遵循法定程序，包括出具扣押决定书、清单等，并确保扣押物品的保管安全。
当事人偷偷运走被扣押物品的性质：
- 当事人偷偷运走被扣押的物品，属于妨碍行政机关执行职务的行为，可能构成违法或犯罪，具体取决于物品的性质、运走的方式以及造成的后果等因素。
行政机关不能直接责令当事人再运回来的原因：
- 行政机关在发现当事人偷偷运走被扣押物品后，不能直接责令当事人再运回来，因为这一行为已经超出了行政机关的直接执行权限。行政机关应当通过合法途径，如依法采取查封、扣押的替代措施（如果物品仍在当事人控制范围内且可执行），或者通过法律程序追究当事人的法律责任，来维护行政执法的严肃性和权威性。
行政机关可以采取的其他合法措施：
- 依法追究法律责任：行政机关可以向公安机关报案，由公安机关依法对当事人进行调查处理。如果当事人的行为构成犯罪，将依法追究其刑事责任；如果构成违法，将依法给予行政处罚。
- 申请法院强制执行：如果行政机关已经作出了相关的行政决定（如罚款、没收违法所得等），但当事人拒不履行，行政机关可以依法向人民法院申请强制执行。
- 加强后续监管：行政机关应当加强对当事人的后续监管，确保其不再从事类似违法行为，并防止类似事件再次发生。
特殊场景：
- 如果当事人偷偷运走的物品是易腐、易变质或者有其他特殊性质的，且行政机关在发现后能够及时采取措施追回或防止损失扩大，那么行政机关可以尝试与当事人协商，要求其配合追回物品或采取其他补救措施。但这一行为仍然需要遵循法定程序，并确保不侵犯当事人的合法权益。
行动建议：
- 对于行政机关而言，在发现当事人偷偷运走被扣押物品后，应当立即采取措施固定证据（如拍照、录像、记录证人证言等），并及时向公安机关报案或依法申请法院强制执行。同时，行政机关还应当加强内部管理，完善扣押物品的保管制度，防止类似事件再次发生。
- 对于当事人而言，如果因特殊原因需要取回被扣押的物品，应当通过合法途径向行政机关提出申请，并按照法定程序办理相关手续。切勿采取偷偷运走等非法手段，否则将面临严重的法律后果。
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