工程结算单上只加盖公章及法人章，在大多数情况下是有效的，但具体效力还需根据合同约定和实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、公章及法人章的法律效力

1. 公章的法律效力：

   • 公章是公司对外行使权力的象征，具有最高的法律效力。在工程结算单上加盖公章，通常意味着公司对结算内容的认可和确认。

2. 法人章的法律效力：

   • 法人章是公司法定代表人的个人印章，代表法定代表人的个人意志。在工程结算单上加盖法人章，可以视为法定代表人对结算内容的个人确认。但需要注意的是，法人章通常与公章一同使用，以增强文件的法律效力。

二、合同约定对结算印章的影响

1. 合同明确约定：

   • 如果双方签订的建设工程合同中明确约定了工程结算必须加盖公司公章及法人章才有效，那么结算单上仅加盖这两枚印章通常是有效的。
   • 然而，如果合同中还规定了其他印章（如合同专用章）或特定人员的签字要求，那么仅加盖公章及法人章可能不足以满足合同要求，此时结算单的效力可能会受到质疑。

2. 合同未明确约定：

   • 如果合同中没有明确约定工程结算必须加盖哪些印章，那么根据交易习惯和行业惯例，加盖公章及法人章通常会被视为有效。

三、实际情况对结算印章效力的影响

1. 交易习惯：

   • 如果在工程建设过程中，双方长期以来一直通过加盖公章及法人章的方式进行各类文件的确认，包括进度款申请、材料签收单等，并形成了交易习惯，那么在工程结算时加盖这两枚印章，一般会被认定为有效。

2. 相对方审查义务：

   • 相对方在接受结算单时，有义务对印章的真实性和合法性进行审查。如果相对方知道或者应当知道公章及法人章不能代表公司进行工程结算（例如，公司已明确告知相对方不得使用法人章进行结算），却仍然接受加盖这两枚印章的结算单，可能会影响结算单的效力。

3. 无代理权或超越代理权：

   • 如果加盖公章及法人章的人员没有得到公司的授权，或者超越了授权范围进行工程结算，且相对方对此应当知晓，那么该结算行为可能被认定为无效。但这种情况通常较少见，因为公章和法人章的使用通常受到公司的严格管理。

四、建议与风险提示

1. 明确合同约定：

   • 为避免纠纷，建议在合同签订时明确约定工程结算必须加盖的印章类型和数量，以及是否需要特定人员的签字确认。

2. 严格印章管理：

   • 公司应加强对公章和法人章的管理，确保印章的使用符合公司规定和法律法规要求。同时，应定期对印章的使用情况进行审计和检查，防止印章被滥用或盗用。

3. 及时咨询法律专业人士：

   • 如果在工程结算过程中遇到任何疑问或纠纷，建议及时咨询法律专业人士，以便得到专业的法律意见和帮助。

如有任何关于工程结算或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供详细的法律解释和建议。