已经判决无效的合同，原则上不能直接作为结算依据，但需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、无效合同的法律基础
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效合同自始没有法律约束力。这意味着，合同中的条款和约定，在合同被确认无效后，不能直接作为双方权利义务的依据。然而，在实际操作中，特别是涉及工程款、货款等支付问题时，需要根据具体法律法规和实际情况来处理。
二、无效合同下的结算依据
参照合同约定折价补偿：
- 如果合同虽然无效，但已经履行的部分（如建设工程经验收合格）符合双方预期和法律规定，那么可以参照合同关于价款的约定折价补偿。例如，在建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的情况下，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
不当得利返还原则：
- 如果一方基于无效合同支付了款项，而接受方没有合法依据取得该款项，那么接受方可能需要基于不当得利原则返还款项。但这并不影响双方协商达成新的有效结算协议。
实际施工量或成本：
- 在合同无效且无法参照合同约定结算的情况下，双方可以确认实际施工量或成本，并依据相关标准计算应支付款项。这种方式能更准确地反映实际履行的价值。
三、具体情境下的结算处理
工程验收合格：
- 如果合同涉及的是建设工程施工，且工程已经验收合格，那么即使合同无效，也可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这是基于工程已经实际完成且符合质量要求的考虑。
工程验收不合格：
- 如果工程验收不合格，且修复后仍不合格，那么承包人可能无权请求折价补偿。但发包人对工程不合格有过错的，应承担相应的责任。这种情况下，结算将更加复杂，可能需要考虑修复费用、损失赔偿等因素。
双方协商一致：
- 无论合同是否有效，双方都可以通过协商达成新的结算协议。这种协议只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的，并可以作为结算依据。
四、法律建议
- 保留证据：在处理无效合同结算问题时，双方应保留好相关证据，如合同文本、履行凭证、验收报告等，以便在纠纷发生时证明自己的主张。
- 寻求专业帮助：由于无效合同结算问题涉及复杂的法律关系和专业知识，建议双方在处理时寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份建设工程施工合同，但后来因合同内容违法被确认无效。然而，工程已经按照合同要求完成并验收合格。在这种情况下，虽然合同无效，但甲仍可以参照合同关于工程价款的约定向乙请求折价补偿。如果工程验收不合格且修复后仍不合格，那么乙可能无权请求折价补偿，但甲如果对工程不合格有过错，应承担相应的责任。
综上所述，已经判决无效的合同不能直接作为结算依据，但需根据具体情况综合判断。在处理此类问题时，建议双方保留好相关证据并寻求专业律师的帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。