结论前置：员工因交通事故受伤时，雇主责任险与机动车商业三者险在符合特定条件时可以同时赔偿，但具体赔偿金额和方式需根据保险条款、赔偿原则及实际损失情况确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律基础与保险性质
雇主责任险：该险种主要保障雇主对雇员在雇佣期间因工作原因遭受意外事故或患职业病导致的人身伤亡或财产损失所应承担的经济赔偿责任。其赔付依据是雇佣关系及雇主依法应承担的赔偿责任。
机动车商业三者险：作为交强险的补充，商业三者险用于赔偿因被保险车辆发生意外事故，导致第三者遭受人身伤亡或财产直接损毁，依法应由被保险人承担的经济赔偿责任。其赔偿依据是交通事故责任认定和保险合同约定。
二、可以同时赔偿的情况
保障对象和责任范围不同：
- 例如，员工A在执行工作任务时驾驶雇主的车辆发生交通事故，造成自身受伤及第三方损失。此时，机动车商业三者险负责赔偿第三方的损失；而雇主责任险则赔偿员工A自身伤亡中雇主应承担的部分。两者并不冲突，可同时赔偿。
赔偿原则差异：
- 机动车商业三者险遵循交通事故责任认定和合同约定的赔偿原则，按责任比例在限额内赔偿。
- 雇主责任险则主要依据雇佣关系和雇主责任来确定赔付金额，不受交通事故责任比例直接影响。
特定损失的不可重复补偿性：
- 对于某些特定损失（如伤残赔偿金、死亡赔偿金），即使两者赔偿范围重叠，被保险人可能无需从机动车商业三者险获得的赔偿中扣除雇主责任险的赔偿部分，因为这些损失被视为不可重复补偿。但具体需根据保险条款和实际情况确定。
三、不能同时赔偿或需扣除的情况
- 如果机动车商业三者险已经对相关损失进行了足额赔偿，且赔偿金额涵盖了雇主依法应承担的全部赔偿责任，那么雇主责任险将不再进行重复赔偿，或者需扣除已获赔偿部分后，再对剩余部分进行赔偿，以防止道德风险。
四、实际操作与注意事项
申请赔偿：
- 员工（或其家属）在上下班途中或工作过程中发生交通事故并受伤，且事故符合两种保险的赔偿条件时，可同时向两个保险公司提出赔偿申请。
审核与赔付：
- 保险公司会根据各自的保险条款和赔偿原则进行审核和赔付，涉及损失金额的核定、已获赔偿的扣除等问题。因此，被保险人需提供充分的证明材料，如医疗记录、事故报告、赔偿协议等，以支持赔偿请求。
阅读条款：
- 被保险人应仔细阅读保险条款和赔偿原则，了解保险责任范围、赔偿方式及标准。特别是关于重复赔偿、赔偿限额、免赔额等条款，以免在申请赔偿时产生纠纷。
法律途径：
- 如遇争议或纠纷，被保险人可寻求法律途径解决。例如，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。
总结：员工因交通事故受伤时，雇主责任险与机动车商业三者险在符合特定条件时可以同时赔偿。但具体赔偿金额和方式需根据保险条款、赔偿原则及实际损失情况确定。因此，在申请赔偿前，建议被保险人仔细阅读保险条款，了解保险责任范围和赔偿方式，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。