可以明确的是，事业单位扣押护照的行为若违法，您有权向法院起诉。以下从多个角度进行分析：
事业单位扣押护照的合法性判断
- 根据《中华人民共和国护照法》第十五条，除人民法院、人民检察院、公安机关、国家安全机关、行政监察机关因办理案件需要，并按照国家有关规定履行必要手续外，任何组织或者个人不得扣押护照。事业单位作为非上述列举的机关，通常无权扣押员工护照。若事业单位以内部管理为由扣押，可能涉嫌违法。
- 特殊情况：若事业单位受上述机关委托或基于法律授权（如涉密岗位、外派任务等），可能存在合法扣押的例外，但需严格符合法定程序和条件。
起诉的法律依据与路径
- 行政诉讼：若事业单位扣押行为被认定为行政行为（如以“管理”名义行使公权力），您可依据《行政诉讼法》提起行政诉讼，要求确认行为违法并返还护照。
- 民事诉讼：若扣押行为被认定为民事侵权（如侵犯人身自由权），您可依据《民法典》提起民事诉讼，主张停止侵害、返还护照并赔偿损失。
- 劳动争议仲裁前置：若扣押与劳动关系相关（如以“离职手续”为由扣押），您需先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的再向法院起诉。
起诉前的准备与建议
- 收集证据：包括护照被扣押的证明（如单位通知、同事证言）、沟通记录（如邮件、短信）、护照复印件等。
- 明确诉求：根据具体情形，选择要求返还护照、确认行为违法、赔偿损失等。
- 咨询专业意见：因涉及法律程序和证据规则，建议起诉前向我详细咨询，以制定最优策略。
总结：事业单位扣押护照若无法律依据，您完全有权通过法律途径维权。具体选择行政诉讼、民事诉讼还是劳动仲裁，需结合扣押原因、单位性质等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。