核心结论：在建筑合同中，专用条款约定不调价差而补充条款约定调差时，应优先遵循补充条款的约定，但具体处理还需结合合同解释规则、双方真实意思表示及实际履行情况综合判断。以下为详细分析：

1. 合同条款效力层级与解释规则
   根据《民法典》第四百六十六条，合同解释应结合条款目的、性质及交易习惯，探求当事人真实意思。当专用条款与补充条款冲突时，补充条款通常被视为对原合同的修改或补充，效力优先。但需注意：

   • 若补充条款明确标注“以本补充条款为准”或类似表述，其优先性更明确；
     
   • 若补充条款未明确优先级，需通过合同目的、行业惯例等辅助判断。例如，建筑行业中补充条款常用于应对市场波动，调差条款可能更符合双方风险分担的初衷。

2. 双方真实意思表示的推定
   若专用条款与补充条款的冲突源于表述模糊或疏漏，需结合签约背景、谈判记录等证据推定真实意图。例如：

   • 若补充条款是在材料价格大幅波动后签订，且双方明确讨论过调差必要性，可推定补充条款为双方最终合意；
     
   • 若补充条款系格式条款且未提示对方注意，可能因显失公平被部分否定或调整。

3. 实际履行行为的佐证作用
   若合同履行过程中，一方已按补充条款执行调差（如支付价差款），另一方未提出异议，可视为双方以行为变更了原约定。根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同，实际履行行为是重要证据。

4. 风险防范建议

   • 对发包方：若希望固定价格，应在补充条款中明确“除本补充条款外，专用条款中不调价差的约定继续有效”，避免歧义；
     
   • 对承包方：若主张调差，需保留补充条款签订时的市场波动证据（如价格指数、谈判记录）及履行过程中的沟通记录，以支持己方主张。

行动建议：若您是合同一方，建议立即梳理合同文本、谈判记录及履行证据，评估补充条款的优先级及双方真实意图。如需进一步分析，可直接向我提供合同关键条款及背景信息，我将结合具体案情提供法律意见。