结论：在合同纠纷案件中，若鉴定材料已经质证但法院未向委托鉴定机构提交，这确实可能构成程序违法，但具体是否违法需结合案件具体情况和法律规定来判断。

分析如下：

1. 程序违法性的判断依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在审理案件过程中，应当遵循法定程序，确保当事人的诉讼权利得到充分保障。鉴定程序作为诉讼程序的一部分，同样需要严格遵守法律规定。
   • 若鉴定材料已经质证，说明当事人对鉴定材料的真实性、合法性、关联性等进行了充分的辩论和确认。法院在此基础上未将鉴定材料提交给委托鉴定机构，可能剥夺了当事人对鉴定结果的合理期待和诉讼权利，从而构成程序违法。

2. 可能的影响及后果：

   • 鉴定结果的效力：若法院未将质证后的鉴定材料提交给鉴定机构，可能导致鉴定结果缺乏合法性和有效性，进而影响案件的公正审理。
   • 当事人的诉讼权利：当事人可能因此无法充分行使自己的诉讼权利，如申请重新鉴定、对鉴定结果提出异议等，从而损害其合法权益。
   • 案件的审理进程：程序违法可能导致案件需要重新审理或发回重审，增加当事人的诉讼成本和时间成本。

3. 应对措施及建议：

   • 及时提出异议：若当事人发现法院未将质证后的鉴定材料提交给鉴定机构，应及时向法院提出异议，要求法院纠正程序违法行为。
   • 申请重新鉴定：在异议得到法院认可的情况下，当事人可以申请重新进行鉴定，以确保鉴定结果的合法性和有效性。
   • 寻求法律救济：若法院未纠正程序违法行为，当事人可以在上诉或申请再审时提出该问题，寻求法律救济。

4. 特殊情况考虑：

   • 法院的自由裁量权：在某些特殊情况下，法院可能基于案件的具体情况和审理需要，对鉴定材料的提交作出特殊处理。但这种处理应当符合法律规定和诉讼原则，且应当充分保障当事人的诉讼权利。
   • 鉴定机构的独立性：鉴定机构作为独立的第三方，其鉴定结果应当基于客观事实和科学方法。法院未提交鉴定材料并不直接影响鉴定机构的独立性，但可能影响鉴定结果的合法性和有效性。

进一步思考：

• 在实际操作中，当事人应当密切关注案件的审理进程和鉴定程序的进展情况，确保自己的诉讼权利得到充分保障。
• 若对法院的程序违法行为有疑问或不满，当事人可以及时向法院提出书面异议或申请复议，以维护自己的合法权益。
• 在涉及复杂或专业性较强的鉴定问题时，当事人可以考虑聘请专业律师或鉴定专家提供法律意见和技术支持。

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