法院可以先委托鉴定，再组织质证，且在此情况下做出的鉴定意见在符合法定条件时是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据与程序规定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，在诉讼过程中，对于专门性问题需要鉴定的，法院可以委托具备资格的鉴定人进行鉴定。鉴定意见作为证据的一种，其合法性、关联性和客观性需要经过法庭质证程序来确认。法律并未明确规定必须先质证后鉴定，因此先委托鉴定再质证的做法并不违反法定程序。

实际操作中的合理性

1. 提高效率：在某些情况下，如涉及复杂的技术问题或需要长时间观察的实验，先进行鉴定可以更快地获取关键证据，为后续的庭审准备提供有力支持。
2. 确保专业性：鉴定过程往往需要专业的知识和技能，先进行鉴定可以确保鉴定意见的专业性和准确性。而质证则是在鉴定意见形成后，由双方当事人对鉴定意见的真实性、合法性和关联性进行审查和辩论的过程。

鉴定意见的合法性条件

虽然先委托鉴定再质证的做法在程序上并不违法，但鉴定意见的合法性还需满足以下条件：

1. 鉴定机构和鉴定人具备相应资格：鉴定机构和鉴定人必须具备法律、行政法规规定的资格和条件，且鉴定人应当独立、客观、公正地进行鉴定。
2. 鉴定程序合法：鉴定过程必须遵循法定程序，包括鉴定材料的收集、保管、送检等环节，以及鉴定方法的选用和鉴定意见的形成过程。
3. 鉴定意见经过质证：鉴定意见作为证据，必须经过法庭质证程序，由双方当事人进行审查和辩论，法院才能根据质证情况决定是否采纳。

特殊情况下的处理

如果鉴定意见在质证过程中被提出异议，且异议成立，法院可能会要求鉴定人出庭说明情况，或者委托新的鉴定机构进行重新鉴定。这进一步体现了质证程序在确保鉴定意见合法性方面的重要作用。

总结与建议

先委托鉴定再质证的做法在程序上并不违法，且在实际操作中具有一定的合理性。但鉴定意见的合法性还需满足鉴定机构和鉴定人具备相应资格、鉴定程序合法以及鉴定意见经过质证等条件。如果你在诉讼过程中遇到类似问题，或者对鉴定意见的合法性有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。