合作社建在基本农田上，无论是否超过两年，均属于违法建设，依法应当拆除或整改，但具体处理方式需结合实际情况判断。以下从法律定性、处理方式、例外情形三个角度展开分析：

一、法律定性：基本农田受严格保护，违法建设无“时效豁免”

根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十五条，基本农田属于耕地中的精华，禁止任何单位或个人擅自占用或改变用途。合作社在基本农田上建设房屋、设施等行为，无论是否超过两年，均违反以下规定：

1. 未经批准占用：未依法办理农用地转用审批手续（如建设用地规划许可证、土地使用证等），直接占用基本农田进行建设，属于非法占地行为。
2. 改变土地用途：将农业用途的土地用于非农业建设（如办公、仓储、生产等），违反土地用途管制制度。

法律后果：根据《土地管理法》第七十七条，县级以上自然资源主管部门有权责令限期拆除违法建筑物、恢复土地原状，并可处以罚款；若构成犯罪（如非法占用农用地罪），还可能追究刑事责任。“超过两年未被发现”不构成免责事由，行政处罚的追诉时效为两年，但违法状态持续存在的（如建筑物未拆除），行政机关仍可依法处理。

二、处理方式：拆除为主，但可结合整改补救

实践中，对违法占用基本农田的建设行为，行政机关通常采取以下措施：

1. 责令限期拆除：若建设行为严重破坏基本农田（如硬化地面、覆盖植被），且无法通过整改恢复农业用途，行政机关会直接要求拆除违法建筑、恢复土地原状。
2. 整改补办手续：若建设行为对基本农田破坏较小（如临时性农业设施），且符合土地利用总体规划，行政机关可能要求合作社补办农用地转用审批手续，将土地性质变更为建设用地后合法使用。但需注意：基本农田转为建设用地的审批权限极高，需国务院批准，实践中通过整改补办手续的案例极少。
3. 罚款与没收：若合作社拒不拆除或整改，行政机关可依法罚款，并没收违法建筑物；若涉及国家利益（如占用永久基本农田），还可能强制执行拆除。

三、例外情形：符合规划的农业设施可能“例外”

根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，直接用于农产品生产的设施（如温室大棚、养殖圈舍）可占用一般耕地，但需办理备案手续；若占用基本农田，需符合以下条件：

1. 省级批准：占用基本农田建设农业设施的，需经省级自然资源主管部门批准，并补划同等数量质量的基本农田。
2. 不破坏耕作层：设施建设不得硬化地面、破坏耕作层，且拆除后需能恢复农业种植条件。
3. 备案管理：需向乡镇政府备案设施农业用地信息，并纳入国土空间规划“一张图”管理。

若合作社的建设行为符合上述条件，可能被认定为合法农业设施，无需拆除；但若不符合（如建设非农业设施、未备案、破坏耕作层），则仍属违法，需依法处理。

总结建议

合作社若占用基本农田建设，应立即停止违法行为，主动与当地自然资源部门沟通，评估建设行为是否符合设施农业用地政策。若不符合，需尽快拆除违法建筑、恢复土地原状，避免进一步法律风险；若符合政策，需补办备案手续，确保合法使用。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。