农用地上的大棚是否可以协议拆除，需分情况讨论，核心在于大棚性质及协议合法性，具体分析如下：

1. 若大棚属于合法临时建筑，且协议内容合法，则可以协议拆除
   根据《土地管理法》及《农村土地承包法》，农用地上的大棚若属于为农业生产服务的临时设施（如种植、养殖所需），且未改变土地用途、未破坏耕地耕作层，通常属于合法建筑。此时，若大棚所有权人（如承包方）与拆除方（如发包方、合作方）通过平等协商达成拆除协议，且协议内容不违反法律强制性规定（如补偿标准合理、程序合法），则该协议具有法律效力，双方可按约定拆除大棚。

2. 若大棚属于违法建筑，协议可能因违法而无效，但拆除行为本身可能被允许
   若大棚存在以下情形之一，则属于违法建筑：

   • 未依法办理用地审批手续，擅自占用农用地建设；
     
   • 改变土地用途（如将耕地转为建设用地）；
     
   • 超过批准期限未拆除的临时建筑。
     根据《行政强制法》及《城乡规划法》，违法建筑可由行政机关依法强制拆除，无需当事人协议。但若当事人自愿达成拆除协议，需注意：
     
   • 协议内容若涉及“以协议代替行政处罚”（如免除罚款、降低拆除标准），可能因违反法律强制性规定而无效；
     
   • 若协议仅约定拆除时间、方式及补偿（如对大棚内设施的补偿），且不损害公共利益，则可能被认定为有效民事协议，双方可按约定执行。

3. 协议拆除需注意程序合法性，避免纠纷
   即使大棚属于合法建筑，协议拆除时也需注意：

   • 主体资格：协议双方需具有相应民事行为能力（如大棚所有权人需为完全民事行为能力人）；
     
   • 意思表示真实：协议需双方自愿达成，不存在欺诈、胁迫等情形；
     
   • 补偿合理：若拆除涉及大棚内设施、农作物等损失，补偿标准应公平合理，避免显失公平；
     
   • 书面形式：建议签订书面协议，明确拆除范围、时间、补偿方式及违约责任，以降低后续纠纷风险。

建议：若您涉及农用地上大棚的拆除问题，可先确认大棚性质（是否合法）、协议内容（是否合法合规），必要时可携带相关材料（如土地承包合同、大棚建设审批文件、协议草案等）向我进一步咨询，我将结合具体情形为您分析协议效力及法律风险。