关于“迟到扣了全勤奖还要扣工资是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到扣全勤奖通常合法，但再额外扣工资则可能违法。
- 若公司规章制度不合法或员工不知情、不同意，迟到扣全勤奖及工资均可能违法。
详细分析如下：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
- 规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。若公司规章制度未经过民主程序或未向员工公示，那么其中的相关规定可能无效。
- 劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行全勤奖的扣除通常是合法的。但额外扣除工资则需进一步分析扣款数额的合理性及是否违反法律法规。
二、法律法规的遵循
- 工资支付原则：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，公司扣除全勤奖或工资必须有合法依据，且扣款数额必须合理。
- 扣款数额的合理性：扣款的数额不能对员工造成过度经济负担。如果扣款数额过高，如超出了员工当月工资的合理比例，那么这样的扣款行为可能是不合法的。全勤奖虽然属于奖励性质，但一旦纳入劳动合同或规章制度，就成为劳动者应得的报酬部分，用人单位不得随意克扣。
三、规章制度的合理性与公平性
- 全勤奖的设置：全勤奖旨在鼓励员工按时出勤，但扣除全勤奖的条件应合理且公平。例如，将迟到一次或几次作为取消全勤奖的唯一条件可能过于严苛，缺乏合理性。合理的规章制度应考虑到员工的实际情况，如交通拥堵、突发状况等不可抗力因素。
- 额外扣款的合理性：若公司在扣除全勤奖的基础上，还要额外扣除工资，那么这种扣款行为必须基于更加充分且合理的理由，如员工因迟到给公司造成了实际经济损失，且该损失与迟到行为有直接因果关系。即便如此，扣款数额也应与实际损失相符，不得过度扣款。
四、员工权益的保障
- 知情权与同意权：员工在入职时应当被告知公司的规章制度，包括全勤奖的评选条件和扣款规定。员工在知情的基础上，应明确表示同意遵守公司的规章制度。如果员工在未知情或未同意的情况下被扣除全勤奖及工资，那么这种行为可能构成违法。
- 争议解决途径：如果员工对公司的扣款行为有异议，可以与公司进行协商解决。协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
实践建议：
- 公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。
- 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。
- 公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
- 员工在遇到公司不合理扣款时，应积极维护自己的合法权益，通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式解决争议。
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