结论前置：公司是否可以合法扣除员工的出差补贴，需视具体情况而定，主要取决于公司规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

一、公司规章制度与劳动合同的约定

1. 规章制度合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若公司规章制度中明确规定了出差补贴的发放条件、标准及扣除情形，且该规章制度经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么公司有权依据规章制度扣除相应的出差补贴。
   • 关键点：规章制度需合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。

2. 劳动合同约定：

   • 若劳动合同中明确约定了出差补贴的发放及扣除条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照劳动合同的约定扣除出差补贴。
   • 关键点：劳动合同条款需合法、明确，且双方自愿签订。

二、相关法律法规的规定

1. 出差补贴的性质：

   • 出差补贴通常属于劳动报酬的一部分，用于补偿员工因出差而产生的额外费用或损失。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得劳动报酬，且劳动报酬应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
   • 关键点：出差补贴作为劳动报酬的一部分，应受到法律保护。

2. 扣除出差补贴的合法性：

   • 若公司扣除出差补贴的行为缺乏合法依据（如规章制度未规定、劳动合同未约定或违反法律法规），则可能构成违法扣除劳动报酬，员工有权要求公司补发被扣除的出差补贴，并可能依据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条等规定，要求公司支付赔偿金。
   • 特殊情况：若员工因个人原因（如违反公司规定、未完成工作任务等）导致出差补贴被扣除，且该扣除行为符合公司规章制度或劳动合同的约定，则可能被视为合法扣除。但即便如此，公司也应确保扣除行为符合法律法规的强制性规定，如不得低于当地最低工资标准等。

三、实际操作建议

1. 审查公司规章制度与劳动合同：

   • 员工应仔细审查公司规章制度及劳动合同中关于出差补贴的条款，了解自己的权益和义务。

2. 与公司沟通协商：

   • 若员工认为公司扣除出差补贴的行为不合法或不合理，可与公司进行沟通协商，寻求解决方案。

3. 寻求法律援助：

   • 若沟通协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：公司是否可以合法扣除员工的出差补贴，需综合考虑公司规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。若扣除行为缺乏合法依据或违反法律法规的强制性规定，则可能构成违法扣除劳动报酬。员工在遇到此类问题时，应仔细审查相关条款、与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。