针对您提出的“停工留薪期结束签了解除劳动关系自行承担社保的协议是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，社会保险具有强制性，这是由《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国社会保险法》所明确规定的。缴纳社会保险费是用人单位与劳动者的法定义务，这一义务并不因双方的合意或单方的声明而免除。

接下来，我们分析您提到的“停工留薪期结束签了解除劳动关系自行承担社保的协议”。从法律角度来看，此类协议很可能因违反法律的强制性规定而无效。因为社会保险的缴纳是法定的，不是双方可以自由协商或放弃的。即使双方在协议中约定了由劳动者自行承担社保费用，这一约定也不能对抗法律的强制性规定，不能免除用人单位缴纳社保费用的法定义务及相应的法律责任。

进一步地，如果劳动者在签署此类协议后，因未缴纳社保而遭受损失（如工伤、失业、生育、医疗等），劳动者仍然有权要求用人单位按照相关规定支付上述待遇或赔偿金。这是因为用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费，已经违反了法律规定，应当承担相应的法律责任。

此外，如果用人单位以各种形式逃避为员工缴纳社保，还可能面临一系列的处罚，包括但不限于责令限期改正、加收滞纳金、罚款等。这些处罚措施旨在保障劳动者的合法权益，维护社会保险制度的正常运行。

综上所述，停工留薪期结束签了解除劳动关系自行承担社保的协议是无效的。因为社会保险的缴纳是法定的，不能因双方的合意或单方的声明而免除。如果劳动者因此遭受损失，仍然有权要求用人单位承担相应的法律责任。因此，建议您在签署任何涉及社保的协议时，务必谨慎对待，确保自己的合法权益不受侵害。