关于保险公司是否会为了1000元帮车主追偿起诉第三方，这个问题不能一概而论，需要结合具体情况来分析。

首先，从法律层面来说，保险公司决定是否起诉会进行成本效益的考量。如果通过正常的理赔流程无法解决问题，且这1000元对保险公司来说有重要意义，比如涉及明确的保险责任，而投保人（或第三方）存在恶意拒赔的情况，那么保险公司有可能会选择起诉。这是因为，如果胜诉概率较大，并且追回的1000元款项足以弥补起诉过程中的成本，甚至还有盈余，那么保险公司为了维护自身权益，就可能会采取起诉行动。

然而，如果起诉成本过高，且胜诉的把握不大，即使起诉后追回1000元也可能无法覆盖成本，那么保险公司很可能会选择放弃起诉。毕竟，对于保险公司来说，每一笔支出都需要考虑到其经济效益。

另外，我们还需要考虑到保险公司的追偿权。在特定情形下，比如交强险中驾驶人未取得驾驶资格或醉酒等情况，保险公司垫付抢救费用后是有权向致害人追偿的。在商业保险中，如果肇事者的行为符合保险合同中约定的保险公司免责情形，保险公司在对被保险人赔付后，也可以基于代位求偿权向肇事者进行追偿。但这种情况下的追偿，并不完全取决于金额大小，而是更多地取决于保险条款和法律规定。

总的来说，保险公司是否会为了1000元起诉第三方，关键在于案件的具体事实、掌握的证据以及保险条款等综合因素。因此，不能简单地判定保险公司会不会因为1000元而起诉。如果车主遇到了类似的情况，建议详细咨询保险公司或相关法律专业人士，以便更准确地了解自己的权益和可能的解决方案。