结论：查不清资金实际回流并不必然导致无法定案，但可能影响证据链条的完整性，需结合其他证据综合判断。

1. 资金回流并非定案的唯一依据
   根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，虚开增值税专用发票罪的定案依据是行为人是否实施了虚开行为（如无真实交易而开具发票、开具与实际交易不符的发票等），而非必须查清资金回流。资金回流通常是证明虚开行为“无真实交易”或“主观故意”的辅助证据，但若其他证据（如合同、物流单据、证人证言等）足以证明虚开事实，即使资金流向不明，仍可定案。

2. 资金回流证据缺失的影响

   • 证据链条弱化：资金回流（如受票方将款项转回开票方或关联人）能直接证明交易虚假，若缺乏该证据，需依赖其他间接证据形成完整链条。
     
   • 主观故意认定困难：资金回流可佐证行为人明知无真实交易而虚开，若查不清回流，可能需通过其他情节（如开票方与受票方无业务往来、开票费异常等）推断主观故意。
     
   • 定案可能性降低但非绝对：根据《关于办理虚开增值税专用发票刑事案件若干问题的意见》，若存在“让他人为自己虚开”“介绍他人虚开”等行为，且有其他证据（如税务机关稽查报告、银行流水异常等）支持，仍可定罪。

3. 司法实践中的处理方式

   • 综合证据认定：法院会审查发票流、货物流、资金流（即使部分不明）是否矛盾，结合行为人供述、证人证言等判断交易真实性。
     
   • 疑罪从无原则：若全案证据无法排除合理怀疑（如仅凭口供无其他佐证），可能不予定罪，但此情形较少见。
     
   • 典型案例参考：如（2020）最高法刑申XX号案中，法院认为即使资金回流未查清，但根据合同虚假、物流缺失等证据，仍认定虚开罪成立。

建议：若案件中资金回流证据缺失，需重点补充其他证据（如交易双方关系、开票费支付记录等），并从行为模式、行业惯例等角度构建证明体系。具体案件需结合细节分析，如有疑问可进一步提供信息，我将为您详细解答。