甲方收包工程交保证金，在符合法律规定和合同约定的情况下，是合理的。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律角度
保证金合法性：
- 根据相关法律法规及行业实践，保证金在建设工程领域是常见的做法。它主要用于保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。
- 《中华人民共和国建筑法》等相关法律并未禁止发包人收取保证金，只要保证金的收取、使用和管理符合法律规定，就是合法的。
保证金比例：
- 保证金预留比例一般不得高于结算总额的3%，这是行业内的常见标准，旨在平衡发包人和承包人的利益。
- 如果保证金比例过高，可能构成对承包人的不公平负担，甚至可能违反相关法律法规。
合同角度
合同约定：
- 保证金的具体数额、支付方式、退还条件等，通常会在建设工程承包合同中明确约定。
- 只要合同内容合法、合规，且双方自愿签订，那么合同中关于保证金的条款就是有效的。
合同履行：
- 承包人应按照合同约定支付保证金，发包人则应按照合同约定管理和使用保证金。
- 如果一方违反合同约定，另一方有权要求其承担违约责任。
实际操作角度
行业惯例：
- 在建设工程领域，收取保证金是行业惯例之一。它有助于确保工程质量和进度，减少发包人的风险。
- 承包人通常也会接受这一做法，因为它是进入市场、承接工程的必要条件之一。
风险防控：
- 对于发包人来说，收取保证金可以作为一种风险防控手段。如果承包人未能按照合同约定履行义务，发包人可以使用保证金进行维修或赔偿。
- 对于承包人来说，支付保证金也是一种承诺和保障，表明其有能力和意愿按照合同约定完成工程。
注意事项
- 合法合规：无论是发包人还是承包人，都应确保保证金的收取、使用和管理符合法律法规和行业规范。
- 合同明确：双方应在合同中明确保证金的数额、支付方式、退还条件等条款，以避免后续纠纷。
- 公平合理：保证金的数额和比例应公平合理，不得过分加重一方的负担。
建议：在签订建设工程承包合同时，双方应充分协商并明确保证金的条款。如果对保证金的合理性或合法性有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。