针对您提出的“公司厕所抽烟罚款1000合法吗”这一问题，我们可以从多个法律维度进行深入分析，以得出一个清晰且全面的结论。

首先，我们需要明确的是，罚款本质上是一种行政处罚权。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，只有具有行政处罚权的行政机关才能在法定职权范围内实施罚款。公司，作为非行政机关，并不具备法律赋予的行政处罚权。因此，从这一基本法律原则出发，公司直接规定抽烟罚款1000元，在未满足特定法律条件下，通常是不合法的。

接下来，我们进一步探讨公司规章制度的制定与效力。公司可以基于管理需要设定规章制度，但这些制度必须在法律允许的范围内，且不能侵犯员工的合法权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度还需向员工进行公示或告知，确保员工知晓并同意。未经这些法定程序，规章制度对员工不产生约束力。因此，如果公司未履行这些程序，直接规定抽烟罚款条款，该制度可能因程序违法而无效。

再来看罚款金额的合理性。罚款金额需合理，不能显失公平。1000元的罚款如果明显过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。此外，罚款规定的合理性还需经过民主程序制定，即需经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定。

最后，我们考虑员工权益保护。如果公司对抽烟员工进行了不合法的罚款，员工有权与公司协商要求返还罚款。协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在极端情况下，员工甚至可以通过诉讼途径来保护自己的权益。

综合判断：公司规定抽烟罚款1000元是否合法，关键在于公司的规章制度是否满足以下条件：经过民主程序制定、向员工公示或告知、罚款金额合理且不显失公平、不侵犯员工的合法权益。只有当这些条件都满足时，公司的罚款规定才可能具备合法性。否则，员工有权提出异议并寻求法律保护。

因此，针对您的问题，我们可以得出结论：在未满足特定法律条件下，公司直接规定厕所抽烟罚款1000元通常是不合法的。如果您或您的同事遇到了类似情况，建议与公司进行协商，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。