当公司董事长因涉嫌违法被抓，导致员工工资未发时，这确实是一个棘手的问题，但您可以通过以下步骤来有效维护自身的合法权益：
一、了解案件进展及公司资产状况
与办案机关沟通：
- 您可以及时联系负责该案件的公安机关或检察机关，了解案件的侦查进展以及公司资产是否被查封、冻结。这些信息对于判断公司是否有能力支付工资至关重要。
关注资产清算：
- 如果公司进入司法程序，您需要密切关注公司资产的清算过程。这有助于您了解公司是否有足够的资金来支付拖欠的工资。
二、合法维权途径
与公司协商：
- 您可以推选员工代表与公司的留守管理人员进行沟通，了解公司的财务状况以及欠薪的解决方案。尝试与公司达成一个支付计划，以逐步解决工资问题。
- 如果公司股东存在出资不实或抽逃出资的情况，您还可以要求股东在相应范围内承担补充赔偿责任。
向劳动监察部门投诉：
- 准备好您的劳动合同、工资条等材料，以证明您的劳动关系和工资数额。
- 向当地的劳动监察部门投诉，他们会进行调查，并责令公司支付拖欠的工资。如果公司拒不支付，还可能面临行政处罚。
申请劳动仲裁：
- 如果与公司的协商无果，您可以向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书、身份证明等材料，申请劳动仲裁。
- 仲裁委员会会审理您的案件，并作出裁决。如果公司不履行裁决，您还可以向人民法院申请强制执行。
参与刑事附带民事诉讼（如适用）：
- 如果您的工资损失是由于董事长的犯罪行为导致的，并且符合刑事附带民事诉讼的条件，您可以在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求支付工资。
- 但需要注意的是，诉讼结果可能受到刑事案件整体进展和判决的影响，且可能无法完全弥补您的损失。
三、寻求专业法律帮助
联系公司法务或人力资源部门：
- 如果公司有法务或人力资源部门，您可以先与他们联系，获取初步的帮助或信息。
集体委托律师：
- 考虑与其他受影响的员工一起集体委托律师。律师可以提供专业的法律意见，如申请财产保全、参与刑事诉讼等。
- 律师还可以协助您制定维权策略，提高追回工资的可能性。
四、其他注意事项
集体维权：
- 团结起来与其他受影响的员工一起维权，可以增加维权的力量和影响力，同时降低单个员工的维权成本。
保持合法理性：
- 在整个维权过程中，请保持冷静和理性。通过合法途径解决问题，避免过激行为带来的法律风险。
希望这些建议能够帮助您有效维护自身的合法权益。如果情况复杂或您不确定如何操作，请及时咨询专业律师以获取更具体的法律指导。