结论：绩效奖金被扣时，原则上可以尝试跨级找部门总沟通，但需结合具体情况谨慎操作，且沟通前应做好充分准备。以下是具体分析：

1. 从公司管理架构和沟通效率角度

• 允许跨级沟通的情形：若直接上级存在明显不作为（如拒绝沟通、故意刁难），或扣减绩效奖金的理由明显不合理（如无明确制度依据、与考核标准严重不符），跨级沟通可作为维护权益的途径。此时，部门总作为更高层级管理者，可能更关注制度执行公平性，有助于推动问题解决。
• 需谨慎的情形：若公司有明确的层级管理规定（如“禁止越级汇报”），或扣减绩效奖金的理由有制度依据（如考核未达标、违反公司规定），跨级沟通可能被视为不尊重管理秩序，甚至引发上级反感，反而影响问题解决。

2. 从法律风险角度

• 合法性前提：公司扣减绩效奖金需满足两个条件：一是制度合法（如经民主程序制定、公示或告知员工）；二是扣减理由与制度一致（如员工确实存在考核不达标、违纪等行为）。若公司行为合法，跨级沟通无法改变结果，但可要求部门总解释制度依据和扣减理由。
• 违法情形：若公司扣减绩效奖金无制度依据，或制度本身违法（如未公示、未经民主程序），则跨级沟通可成为收集证据的途径。此时，可向部门总提出异议，并保留沟通记录（如邮件、录音），作为后续维权证据。

3. 操作建议

• 沟通前准备：
  1. 核对公司制度：确认绩效奖金扣减是否有明确制度依据，以及制度是否合法。
  2. 收集证据：整理考核记录、沟通记录等，证明扣减行为是否合理。
  3. 明确诉求：是要求补发奖金、修改考核结果，还是要求公司解释制度？
• 沟通方式：
  1. 优先书面沟通（如邮件）：清晰陈述事实和诉求，避免情绪化表达。
  2. 口头沟通时录音：保留沟通内容，但需注意合法性（如提前告知对方录音）。
• 替代方案：若跨级沟通无果，可向公司人力资源部门、工会或劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁维权。

总结：跨级沟通可作为解决绩效奖金扣减问题的手段之一，但需结合公司制度、沟通效率和法律风险综合判断。若您对具体情况或操作细节有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更具体的建议。