被告不配合第三方公司上门检测，首先需明确检测的法律依据及合同约定，再根据不同情况采取相应措施。以下从多个角度进行分析：
一、检测的法律依据与合同约定
法律依据：
- 若检测行为系基于法律、行政法规的强制性规定（如环保、安全等方面的检测），则被告有义务配合。例如，根据《环境保护法》等相关法律法规，企业或个人在特定情况下需接受环保部门的检测。
- 若检测行为并非基于法律、行政法规的强制性规定，而是基于双方当事人的约定，则需依据合同条款来判断被告的义务。
合同约定：
- 审查双方签订的合同中是否明确约定了检测条款，包括检测的时间、地点、方式以及被告的配合义务等。
- 若合同中有明确约定，且被告无正当理由拒绝配合，则被告可能构成违约，需承担相应的违约责任。
二、被告不配合检测的可能后果
行政责任：
- 若检测行为系基于法律、行政法规的强制性规定，被告拒绝配合可能面临行政处罚，如罚款、责令停产停业等。
民事责任：
- 若检测行为基于双方当事人的约定，被告拒绝配合可能构成违约，需承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
- 在合同纠纷中，若因被告拒绝配合检测导致原告无法证明其主张的事实，法院可能根据举证责任分配原则，对原告的主张不予支持或部分支持，但这并不意味着被告无需承担任何责任，而是可能因违约行为而承担其他形式的民事责任。
诉讼程序影响：
- 在诉讼过程中，若检测结果对案件事实认定具有关键作用，被告拒绝配合可能导致法院无法全面、客观地认定案件事实，进而影响案件的审理结果。
- 在某些情况下，法院可能根据被告的拒绝配合行为，对其作出不利的推定或判决。
三、应对措施
协商沟通：
- 尝试与被告进行协商沟通，了解其拒绝配合的具体原因，并寻求解决方案。
- 若被告因误解或担忧而拒绝配合，可通过解释说明、提供必要保障等方式消除其顾虑。
发送律师函：
- 若协商沟通无果，可委托律师向被告发送律师函，明确告知其拒绝配合检测的法律后果，并要求其限期配合。
申请法院强制执行：
- 若被告仍拒绝配合，且检测行为系基于法律、行政法规的强制性规定或法院判决、裁定等执行依据，可向法院申请强制执行。
- 法院在受理申请后，将依法采取强制措施，确保检测行为的顺利进行。
提起诉讼或申请仲裁：
- 若检测行为基于双方当事人的约定，且被告拒绝配合构成违约，可向法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁，要求被告承担违约责任。
在实际操作中，建议根据具体情况选择合适的应对措施，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。