针对当事人拒不配合公司调查的情况，公司可以采取以下措施来应对：
明确调查目的与合法性：
- 首先，公司需要确保调查的目的是合法的，且调查行为本身符合公司规章制度以及相关法律法规的规定。例如，如果调查涉及员工违纪行为，公司应确保有明确的规章制度作为依据，并且这些规章制度已经过合法程序制定并公示。
尝试沟通与解释：
- 在采取进一步措施之前，公司可以尝试与当事人进行沟通，解释调查的目的、重要性以及拒绝配合可能带来的后果。通过平和、理性的方式，可能能够消除当事人的疑虑或抵触情绪，促使其配合调查。
依据规章制度处理：
- 如果当事人仍然拒绝配合，公司可以依据内部规章制度对其进行处理。这些规章制度应明确规定员工在调查中的义务以及拒绝配合的后果，如警告、罚款、甚至解除劳动合同等。但需要注意的是，处理措施必须合法、合理，且符合规章制度的规定。
寻求法律支持：
- 如果内部处理无法解决问题，公司可以考虑寻求法律支持。例如，如果调查涉及违法行为或严重违纪行为，公司可以向公安机关报案或向劳动仲裁机构申请仲裁。在申请仲裁或提起诉讼时，公司需要提供充分的证据来支持其主张，包括调查的目的、过程、当事人的拒绝配合行为等。
注意证据收集与保存：
- 在整个过程中，公司需要注意收集并保存相关证据。这些证据可以包括书面通知、沟通记录、视频监控、证人证言等。证据的充分性和合法性对于后续的法律程序至关重要。
考虑劳动仲裁或诉讼的风险与成本：
- 在决定采取法律手段之前，公司需要评估劳动仲裁或诉讼的风险与成本。这包括时间成本、经济成本以及可能对公司声誉造成的影响。如果调查事项相对轻微或证据不足，公司可能需要权衡利弊后作出更合适的决策。
可能面临的法律后果与风险提示：
- 如果公司未经合法程序或无正当理由对员工进行调查，可能构成对员工隐私权的侵犯，员工有权向公司主张赔偿。
- 如果公司依据不合法或不合理规章制度对员工进行处理，员工可能向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，要求撤销处理决定并恢复劳动关系或获得赔偿。
- 在劳动仲裁或诉讼过程中，如果公司无法提供充分证据支持其主张，可能面临败诉的风险。
建议：
- 在进行任何调查之前，公司应确保调查的合法性和合理性，并依据内部规章制度进行。
- 在与员工沟通时，公司应保持平和、理性的态度，尽量通过协商解决问题。
- 如果员工拒绝配合调查，公司应依法依规进行处理，并注意收集和保存相关证据。
- 在考虑采取法律手段之前，公司应充分评估风险与成本，并咨询专业律师的意见。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。