结论前置：公司要保管员工的劳动合同，这一行为本身并不违法，但关键在于公司是否同时确保了劳动者也能持有自己的合同副本。根据法律规定，劳动合同应由用人单位和劳动者各执一份，公司有责任妥善保管其持有的合同文本，但不得剥夺劳动者持有合同的权利。

一、法律规定与双方责任

• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条的规定，劳动合同经用人单位与劳动者协商一致，并在劳动合同文本上签字或者盖章后生效。劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份。这明确了双方对劳动合同的保管责任。

• 公司保管责任：公司作为用人单位，有责任妥善保管其持有的劳动合同文本。这是为了保护劳动者的权益，确保在需要时能够提供合同作为证据，维护劳动关系的稳定和谐。

• 劳动者持有权利：劳动者同样有权持有一份劳动合同副本。这是劳动者的基本权利，也是其在劳动关系中维护自身权益的重要依据。

二、公司独自保管可能带来的问题

• 劳动者权益受损：如果劳动合同仅由公司保管，劳动者在面临劳动争议时可能因无法及时查阅合同条款而难以有效维权。例如，在劳动报酬、工作时间、休息休假等争议中，合同是确定双方权利义务的重要依据。

• 公司违规操作风险：公司可能利用保管合同的便利，擅自修改或篡改合同条款，从而损害劳动者的合法权益。这种行为不仅违法，也会破坏劳动关系的信任基础。

三、公司应如何正确保管劳动合同

1. 建立保管制度：

   • 公司应建立专门的劳动合同管理制度，指定专人或部门负责劳动合同的保管工作。
   • 劳动合同文本应存放在安全、干燥、通风的地方，避免受潮、虫蛀或损坏。

2. 分类归档与电子化管理：

   • 按照员工姓名、部门、入职时间等顺序对劳动合同进行分类整理，便于查找和管理。
   • 可以采用电子化管理方式，将劳动合同扫描成电子版文件，存储在安全的服务器或云端存储中，并设置访问权限，确保信息安全。

3. 确保劳动者持有副本：

   • 在签订劳动合同时，公司应同时向劳动者提供一份合同副本，并确保其完整性和安全性。
   • 劳动者应认真阅读合同内容，了解自己的权利和义务，并妥善保管合同副本。

4. 定期审查与更新：

   • 公司应定期对劳动合同进行审查，确保合同内容符合法律法规的要求，并及时更新过期的劳动合同。
   • 对于需要变更或续签的劳动合同，应及时与员工协商并签订新的合同。

四、劳动者应如何应对

• 要求提供合同副本：如果公司未向劳动者提供合同副本，劳动者有权要求公司提供。

• 向劳动监察部门投诉：若公司拒绝提供合同副本或存在其他违法行为，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求公司改正并可能面临罚款等处罚。

• 法律途径维权：在必要时，劳动者可申请劳动仲裁或提起诉讼，要求公司提供合同文本，并承担因未交付合同而造成的损失赔偿责任。

五、法律后果与风险提示

• 公司保管不当的责任：若公司未妥善保管劳动合同，导致合同遗失或损坏，可能在劳动争议中承担不利后果，并需对因此给劳动者造成的损失负责。

• 劳动者未持有合同的风险：如果劳动者未持有劳动合同副本，在面临劳动争议时可能因缺乏证据而难以维权。因此，劳动者应确保自己持有一份有效的劳动合同副本。

总结与建议：公司要保管员工的劳动合同并不违法，但必须同时确保劳动者也能持有自己的合同副本。公司应建立完善的劳动合同保管制度，确保合同的完整性、安全性和保密性。劳动者也应积极维护自己的合法权益，确保手中持有一份有效的劳动合同文本。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。