结论：您自建的房屋原本没有证件，后来集体办理了房屋证件，其合法性需分情况讨论，主要取决于房屋的建设是否符合当时的法律法规、规划要求以及集体办理证件的具体程序是否合法合规。

一、房屋建设合法性基础

1. 符合规划与建设要求：

   • 如果您的房屋在建设时符合当时的城乡规划、土地利用规划以及相关建设法规的要求，比如未占用耕地、未违反建筑高度、面积等限制，那么房屋本身的建设行为是合法的。
   • 在此情况下，集体后来为您的房屋办理证件，可以视为对原有合法建设行为的确认和补办手续，证件的合法性较高。

2. 违反规划与建设要求：

   • 如果您的房屋在建设时违反了当时的规划或建设法规，比如未经批准擅自建设、占用耕地、违反建筑规范等，那么房屋本身的建设行为就是违法的。
   • 在此情况下，即使后来集体为您的房屋办理了证件，该证件的合法性也会受到质疑。因为违法建设行为不能因后续补办手续而变得合法，除非相关法律法规有特别规定（如历史遗留问题处理等）。

二、集体办理证件的程序合法性

1. 合法程序办理：

   • 如果集体在办理房屋证件时，严格按照相关法律法规和程序进行，比如进行了公示、听取了利害关系人的意见、经过了相关部门的审批等，那么办理的证件在程序上是合法的。
   • 在此情况下，即使房屋建设时存在一些小瑕疵，但只要不影响整体合法性，且集体办理证件的程序合法，那么证件的合法性也是可以得到认可的。

2. 非法程序办理：

   • 如果集体在办理房屋证件时，存在违反法律法规和程序的行为，比如未进行公示、未听取利害关系人的意见、未经相关部门审批等，那么办理的证件在程序上就是非法的。
   • 在此情况下，即使房屋建设本身合法，但由于办理证件的程序非法，证件的合法性也会受到影响。您可能需要通过法律途径来维护自己的合法权益，比如申请撤销非法办理的证件等。

三、建议与后续行动

1. 核实房屋建设合法性：

   • 您需要核实自己房屋建设时是否符合当时的规划与建设要求。可以查阅相关的规划文件、建设许可证等文件来确认。

2. 了解集体办理证件的程序：

   • 您需要了解集体办理房屋证件的具体程序是否合法合规。可以询问集体组织或相关部门来获取相关信息。

3. 咨询专业律师：

   • 如果您对房屋证件的合法性存在疑问或担忧，建议您咨询专业律师进行法律评估。律师可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供专业的法律意见和建议。

4. 采取必要法律措施：

   • 如果发现房屋证件存在合法性问题，您可能需要采取必要的法律措施来维护自己的合法权益。比如申请撤销非法办理的证件、提起行政诉讼等。

作为范力为律师，我专注于经济纠纷、房产纠纷领域，如果您在房屋产权方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。