关于建房子发了证件但未按照证件建造是否合法的问题，结论是不合法，且可能面临一系列法律后果。以下从不同角度进行详细分析：
一、证件的法律效力与合规性要求
证件的法律意义：
- 建房证件，如规划许可证、施工许可证等，是政府部门根据相关法律法规对建房行为进行审批后颁发的合法凭证。这些证件明确了建房的具体要求，包括建筑位置、面积、高度、结构等关键要素。
- 获得证件意味着建房行为在法律上得到了认可，但同时也意味着建房者必须严格按照证件上的规定进行建设。
合规性要求：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，建房者必须按照规划许可证的要求进行建设，不得擅自变更规划条件。
- 如果未按照证件要求建造，将构成违法建设行为，可能面临行政处罚，包括罚款、责令拆除或改正等。
二、未按照证件建造的法律后果
行政处罚：
- 城乡规划主管部门或其他相关部门有权对违法建设行为进行查处，并根据违法情节的轻重给予相应的行政处罚。
- 处罚措施可能包括罚款、责令停止建设、限期拆除或改正等。如果拒不执行处罚决定，还可能面临强制执行等更严厉的措施。
民事责任：
- 如果未按照证件建造的房屋对他人造成了损害，如侵犯了邻居的采光权、通风权等，建房者还可能承担民事赔偿责任。
- 受害者有权要求建房者停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。
影响房屋产权登记：
- 未按照证件建造的房屋可能无法通过规划验收，进而影响房屋产权的登记和颁发。
- 这将导致房屋无法合法上市交易、抵押贷款等，给建房者带来经济损失和法律风险。
三、特殊情况与应对建议
特殊情况考虑：
- 如果建房者因特殊原因（如地质条件变化、设计错误等）需要变更规划条件，应及时向相关部门申请变更手续，并获得新的规划许可证后再进行建设。
- 未经批准擅自变更规划条件的行为仍然属于违法建设行为。
应对建议：
- 如果已经发生了未按照证件建造的情况，建房者应尽快与相关部门沟通，了解违法情节的轻重和可能的处罚措施。
- 积极配合相关部门的查处工作，主动采取措施进行整改或拆除违法部分，以减轻法律后果。
- 如果对处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，建房子发了证件但未按照证件建造是不合法的行为，可能面临行政处罚、民事责任以及影响房屋产权登记等法律后果。因此，建房者必须严格遵守相关法律法规和证件要求进行建设。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。