单位不能仅以经营困难为由不支付加班费。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
从上述法律规定可以看出，加班费是劳动者在超出正常工作时间提供劳动后，依法应获得的报酬，用人单位有义务按照法定标准支付，经营困难并不能成为免除这一义务的法定理由。
实际案例角度
在实际的劳动纠纷中，有不少用人单位以经营困难为由拒不支付加班费，但最终都被劳动仲裁机构或法院判定需要支付。例如，某公司因市场环境变化，业务量减少，资金周转困难，便通知员工加班不再支付加班费。部分员工不同意，向劳动仲裁机构申请仲裁。仲裁机构审理后认为，公司经营困难不能成为不支付加班费的合法抗辩理由，最终裁决公司按照法定标准支付员工加班费。
特殊情况说明
虽然经营困难不能直接作为不支付加班费的理由，但如果用人单位确实因为经营状况极度恶化，已经到了濒临破产、无法继续经营的地步，且经过法定程序（如向法院申请破产等），在破产清算过程中，对于员工的工资、加班费等债权，会按照《中华人民共和国企业破产法》的相关规定进行清偿。不过，这并不意味着用人单位可以自行决定不支付加班费，而是需要经过法定的破产程序来处理。
建议
如果单位以经营困难为由不支付加班费，你可以先与单位进行协商，要求单位按照法律规定支付加班费。如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对单位进行检查和处理。也可以直接向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
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