公司不给批假算旷工扣工资是否合法，需分情况讨论。以下是从不同角度进行的分析：
一、公司规章制度明确且合理的情况
合法性基础：
- 如果公司的规章制度中明确规定了请假的流程、条件以及旷工的定义和处罚措施，并且这些规定是合法、合理且经过公示的，那么员工未按照规章制度请假而缺勤，公司有权视为旷工并依据规定进行扣款。
- 例如，公司规定员工需提前三天提交请假申请，并附上相关证明材料，如医院诊断书等。若员工未按规定提交申请或材料不全，公司有权不批准请假，并将此视为旷工。
注意事项：
- 公司应确保规章制度的制定过程符合法律法规的要求，如经过民主程序制定、向劳动者公示等。
- 扣款金额应合理，不得超出法律规定的范围。一般来说，扣款金额不应超过员工当日工资的合理比例，具体比例可能因地区和公司政策而异。
二、公司规章制度不明确或不合理的情况
不合法性风险：
- 如果公司的规章制度中没有明确规定请假的具体流程和条件，或者规定本身存在不合理之处（如请假审批权限过于集中、请假条件过于苛刻等），导致员工无法正常请假而被迫缺勤，那么公司将此视为旷工并扣款可能构成违法。
- 例如，公司规定所有请假申请均需总经理审批，而总经理经常不在公司，导致员工无法及时获得批准而缺勤。这种情况下，公司不能简单地将此视为旷工并扣款。
法律后果：
- 在此情况下，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益，要求公司返还被扣除的工资并承担相应的法律责任。
三、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如果员工因不可抗力因素（如突发疾病、家庭紧急情况等）无法提前请假而缺勤，公司应给予一定的理解和宽容，不应简单地将此视为旷工并扣款。
- 例如，员工在上班途中突发疾病，无法及时赶到公司并提交请假申请。这种情况下，公司应考虑员工的实际情况，避免机械地执行规章制度。
协商与沟通：
- 在处理此类问题时，公司应与员工进行充分的沟通和协商，了解具体情况并给予合理的解决方案。
- 例如，公司可以与员工协商安排补休或调整工作时间，以弥补员工因缺勤而造成的工作损失。
法律建议
- 对于员工：如果公司不给批假并算作旷工扣款，且你认为公司的规章制度存在不合理之处或未按照规章制度执行，你可以先与公司进行沟通协商。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察机构投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：建议公司制定合理、明确的规章制度，并确保规章制度的制定过程符合法律法规的要求。同时，在处理员工请假问题时，应秉持人性化管理理念，关注员工的实际需求和困难。
总之，公司不给批假算旷工扣工资是否合法，取决于公司的规章制度是否明确、合理以及是否按照规章制度执行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。