总公司与分公司注册地不同且同时为被告时，管辖法院的确定主要依据民事诉讼法的相关规定，并结合公司法的相关原则进行综合判断。具体来说，可以从以下几个角度进行分析：

1. 一般地域管辖原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。在总公司与分公司同时为被告的情况下，若仅从一般地域管辖原则出发，理论上原告可以选择向总公司住所地或分公司住所地的人民法院提起诉讼。但实际操作中，由于涉及共同诉讼，且可能涉及案件事实的统一认定，法院可能会根据案件具体情况指定管辖。

2. 共同诉讼与管辖的特殊性：

   • 当总公司与分公司作为共同被告时，案件往往涉及同一法律关系或同一事实，为便于查明事实、统一裁判标准，法院可能会根据《中华人民共和国民事诉讼法》中关于共同诉讼管辖的规定，将案件交由其中一个被告住所地或主要侵权行为地、合同履行地等与案件有密切联系的地点的法院管辖。这种情况下，管辖法院的确定会更多地考虑案件的实际联系点和审理的便利性。

3. 合同纠纷的特殊管辖规定：

   • 如果案件涉及合同纠纷，且合同中有明确的管辖协议，那么根据《中华人民共和国民事诉讼法》的约定管辖原则，应按照合同中的约定来确定管辖法院。这种情况下，无论总公司还是分公司的注册地在哪里，都应遵循合同中的管辖条款。

4. 实际操作中的建议：

   • 在实际操作中，由于总公司与分公司同时为被告的情况可能涉及复杂的法律关系和事实认定，建议原告在提起诉讼前，先咨询专业律师，对案件进行全面的法律分析和风险评估。律师可以根据案件的具体情况，为原告提供合理的诉讼策略和管辖法院选择建议。
   • 同时，如果原告已经收到法院的应诉通知，且对管辖法院有异议，可以在提交答辩状期间提出管辖权异议，由法院进行审查并作出裁定。

总结来看，总公司与分公司注册地不同且同时为被告时，管辖法院的确定并非简单依据注册地，而是需要综合考虑案件性质、共同诉讼的特殊性、合同中的管辖协议以及审理的便利性等因素。因此，在实际操作中，建议原告根据案件具体情况，咨询专业律师并遵循法院的指导来确定管辖法院。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。