在分公司作为被告的案件中，管辖法院的确定需根据具体情况分析，一般原则是分公司有独立诉讼主体资格时由其所在地法院管辖，无独立资格时则可能由总公司所在地或合同履行地等法院管辖。以下是对此问题的详细分析：
分公司具有独立诉讼主体资格的情况
法律依据：
- 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，分公司作为总公司的分支机构，如果依法设立并领取了营业执照，那么它具有一定的民事权利能力和行为能力，可以独立参与民事诉讼活动。
管辖原则：
- 在这种情况下，分公司作为被告时，通常由其所在地的法院管辖。这是因为分公司具有相对独立的法律地位，其经营活动和诉讼活动可以在一定程度上独立于总公司。
实例说明：
- 假设某公司在A地设立了分公司，并在B地签订了一份合同。后因合同纠纷，对方将该分公司诉至法院。如果该分公司已依法设立并领取了营业执照，那么B地法院（如果合同履行地在B地）或A地法院（分公司所在地）均有可能成为管辖法院，具体取决于合同中的约定或相关法律规定。但通常情况下，如果合同未明确约定管辖法院，且分公司具有独立诉讼主体资格，则更倾向于由分公司所在地法院管辖。
分公司不具有独立诉讼主体资格的情况
法律依据：
- 如果分公司未依法设立或未领取营业执照，那么它不具有独立的民事权利能力和行为能力，不能独立参与民事诉讼活动。
管辖原则：
- 在这种情况下，分公司作为被告时，通常由总公司所在地的法院管辖。或者，如果合同纠纷涉及合同履行地等，也可能由合同履行地等法院管辖。但总体上，由于分公司不具有独立诉讼主体资格，因此其诉讼活动需由总公司承担。
实例说明：
- 假设某公司在未依法设立分公司的情况下，以分公司的名义在C地签订了一份合同。后因合同纠纷，对方将该“分公司”诉至法院。由于该“分公司”实际上并不具有独立诉讼主体资格，因此C地法院可能不会直接受理此案，而是会告知对方将总公司作为被告，并可能由总公司所在地或合同履行地等法院管辖。
特殊情况与注意事项
合同约定管辖：
- 如果合同中明确约定了管辖法院，那么无论分公司是否具有独立诉讼主体资格，均应按照合同约定来确定管辖法院。
总公司与分公司的责任承担：
- 即使分公司具有独立诉讼主体资格，并在诉讼中作为被告出现，但最终的责任承担仍可能涉及总公司。这取决于分公司的财产状况、总公司的授权范围以及相关法律法规的规定。
诉讼策略与建议：
- 在涉及分公司作为被告的案件中，原告应充分了解分公司的法律地位和财产状况，以便选择合适的诉讼策略和管辖法院。同时，被告（无论是分公司还是总公司）也应积极应对诉讼，维护自身合法权益。
如有具体案件或法律问题，建议直接向我咨询，以便提供更具体、更专业的法律意见。