农民工与公司签订的工伤协议，在符合法律规定且双方自愿、平等的基础上，是合法的。但需要注意，这类协议的合法性并非绝对，而是受到多种因素的制约。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协议内容合法性

• 符合法律规定：工伤协议的内容必须符合《工伤保险条例》等相关法律法规的规定。例如，协议中约定的赔偿项目、标准等不得低于法定标准。如果协议内容违反法律强制性规定，如试图通过协议免除公司应承担的法定赔偿责任，那么该协议将被视为无效。
• 不损害农民工权益：协议应确保农民工在工伤事故后能够获得合理的赔偿和医疗救治。如果协议内容显失公平，如赔偿金额过低、赔偿项目不全等，损害了农民工的合法权益，那么农民工有权请求法院或仲裁机构撤销或变更该协议。

2. 签订程序合法性

• 双方自愿：工伤协议的签订必须是双方自愿的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果公司利用农民工对法律的不了解或经济上的压力，迫使农民工签订不公平的协议，那么该协议将被视为无效。
• 平等协商：在签订协议过程中，双方应平等协商，充分表达各自的意思表示。公司不得利用其优势地位，单方面制定协议条款，剥夺农民工的合法权益。

3. 协议效力认定

• 生效条件：工伤协议自双方签字或盖章之日起生效。但需要注意的是，如果协议内容违反法律强制性规定或损害农民工权益，即使双方已经签字或盖章，该协议也可能被认定为无效。
• 争议解决：如果双方对协议内容或履行产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在争议解决过程中，法院或仲裁机构将依法对协议的合法性进行审查。

4. 特殊情况下的协议效力

• 未参加工伤保险：如果公司未依法为农民工参加工伤保险，那么农民工发生工伤后，公司应按照《工伤保险条例》规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。此时，双方签订的工伤协议不得低于法定标准，否则将被视为无效。
• 第三方责任：如果工伤事故是由第三方造成的，农民工有权向第三方主张民事赔偿。此时，双方签订的工伤协议不得免除公司应承担的赔偿责任或限制农民工向第三方主张赔偿的权利。

法律建议

• 审慎签订协议：农民工在签订工伤协议前，应仔细阅读协议条款，确保协议内容合法、公平、合理。如有疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师或法律援助机构。
• 保留证据：在签订协议过程中，农民工应保留好相关证据，如协议文本、签字或盖章的凭证等。以便在发生争议时，能够证明自己的权益。
• 及时维权：如果发现协议内容违法或损害自己的权益，农民工应及时向法院或仲裁机构提起诉讼或申请仲裁，维护自己的合法权益。

总结来说，农民工与公司签订的工伤协议在符合法律规定且双方自愿、平等的基础上是合法的。但农民工在签订协议前应审慎考虑，确保协议内容合法、公平、合理，并保留好相关证据以便在发生争议时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。