公交公司以员工病假100多天为由，在合同到期时不予续签，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若员工处于医疗期内：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，包括合同到期不续签的情形。
- 若员工病假100多天仍处于医疗期内，公交公司不予续签合同的做法是违法的。员工有权要求公交公司继续履行劳动合同，或者要求支付违法解除劳动合同的赔偿金。
若员工医疗期已满：
- 当员工医疗期满后，如果仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但这里的关键是，用人单位需要证明员工不能从事原工作或另行安排的工作。
- 若员工病假100多天已超出医疗期，且公交公司能证明员工不能从事原工作或另行安排的工作，那么公交公司不予续签合同在程序上可能是合法的。但公交公司仍需按照法律规定支付员工经济补偿金。经济补偿金的标准根据员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 然而，如果公交公司不能证明员工不能从事原工作或另行安排的工作，或者未按照法律规定支付经济补偿金，那么其不予续签合同的做法仍然是违法的。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公交公司的做法违法，可以收集相关证据（如医疗证明、劳动合同、工资单等），向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公交公司继续履行劳动合同或支付赔偿金/经济补偿金。
- 对于公交公司而言，在处理此类问题时，应严格遵守法律规定，确保程序合法、证据充分，避免引发不必要的法律纠纷。
总结：公交公司以员工病假100多天为由不予续签合同是否合法，取决于员工是否处于医疗期内以及公交公司是否能证明员工不能从事原工作或另行安排的工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。