结论前置：将公司应缴纳的社保部分直接在工资中发放给员工，而不依法缴纳至社保账户的行为不合法。以下从法律、风险及合规建议三个角度展开分析：

1. 法律明确禁止此类操作

根据《社会保险法》第六十条：

• 用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
• 职工应缴纳的社保费由用人单位代扣代缴，用人单位不得要求职工承担企业应缴部分，也不得将社保费以现金形式发放给员工。

关键点：社保费具有强制性，企业与员工无权通过协议变更缴纳方式。即使员工签署同意书，该约定也因违反法律强制性规定而无效。

2. 企业与员工均面临法律风险

• 企业风险：
  • 补缴义务：社保部门可责令补缴欠费，并自欠缴之日起按日加收万分之五的滞纳金（《社会保险法》第八十六条）。
  • 行政处罚：逾期不补缴的，处欠缴数额1倍以上3倍以下罚款。
  • 劳动争议：员工可主张解除劳动合同并要求经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
• 员工风险：
  • 社保权益受损：影响医疗、养老、工伤等保险待遇的享受。
  • 潜在纠纷：若企业未补缴，员工可能需自行承担补缴责任或面临社保断缴记录。

3. 合规建议

• 企业：
  1. 立即停止将社保费发放至工资的行为，依法向社保经办机构申报并缴纳。
  2. 自查历史缴费记录，主动补缴欠费以降低滞纳金和罚款风险。
  3. 完善内部制度，明确社保缴纳流程，避免因操作不规范引发纠纷。
• 员工：
  1. 保留工资条、劳动合同等证据，证明企业未依法缴纳社保。
  2. 可向当地社保部门投诉（拨打12333），或通过劳动仲裁主张权益。
  3. 若企业拒不改正，可向法院起诉要求补缴社保并支付经济补偿金。

总结：社保缴纳是法定义务，企业与员工均不得通过协商变更缴纳方式。建议企业立即整改，员工若遇此类情况可依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。