结论：对于已经过了20年的未办理施工许可证项目，是否还需要行政处罚以及是否适用二年追诉期规定，需分情况讨论。一般情况下，若违法行为在二年内未被发现，则不再给予行政处罚；但若涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追诉期可延长至五年；对于超过20年且不属于上述特殊情形的，通常不再进行行政处罚。以下为详细分析：
一、行政处罚的追诉期规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
一般情形：对于未办理施工许可证的违法行为，若该行为在二年内未被行政机关发现，则根据上述规定，不再给予行政处罚。
特殊情形：若该违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全，并且产生了危害后果，那么追诉期将延长至五年。这意味着，如果在这五年内违法行为被发现，仍然可以给予行政处罚。
超过追诉期的情形：对于已经超过二年（或五年，如涉及特殊情形）且未被发现的违法行为，根据行政处罚法的规定，通常不再进行行政处罚。这是因为行政处罚的追诉期已经届满，行政机关失去了对该违法行为进行处罚的法律依据。
二、关于未办理施工许可证项目的特殊情况
对于未办理施工许可证的项目，除了考虑行政处罚的追诉期外，还需要考虑该项目的实际情况和可能产生的法律后果。
项目现状：如果项目已经完工并投入使用，且未造成任何安全事故或质量问题，那么行政机关可能更倾向于采取补办手续、罚款等较轻的处罚措施（如仍在追诉期内），而不是直接拆除或停工等严厉措施。然而，若项目已超过追诉期，则通常不再进行行政处罚。
法律后果：未办理施工许可证进行施工是违法行为，可能面临罚款、责令停工、拆除等行政处罚。但这些处罚的适用需严格遵循行政处罚法的规定，包括追诉期的限制。
三、建议
对于项目方：如果项目存在未办理施工许可证的情况，建议尽快补办相关手续，以避免可能的法律风险和处罚。同时，应密切关注行政处罚的追诉期规定，确保在追诉期内不被发现违法行为。
对于行政机关：在发现未办理施工许可证的违法行为时，应及时进行调查和处理，确保在追诉期内对违法行为进行处罚。同时，也应注重证据的收集和保存，以便在需要时提供充分的法律依据。
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