针对“未取得施工许可擅自施工后又取得施工许可的违法行为追诉期”的问题，结论如下：
追诉期的确定原则：
- 追诉期，即追诉时效，是指刑事法律规定的，对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。对于行政违法行为，虽然不严格使用“追诉期”这一术语，但存在类似的“处罚时效”概念，即行政机关对违法行为人实施行政处罚的期限。
- 在建设工程领域，未取得施工许可擅自施工属于违法行为，其处罚时效通常遵循《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定。根据该法，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。
擅自施工后又取得施工许可的情况分析：
- 如果在擅自施工后，但在行政机关发现或查处前，施工单位取得了施工许可，这并不改变之前擅自施工行为的违法性。然而，对于处罚时效的计算，关键在于违法行为被发现的时间。
- 若在取得施工许可前，擅自施工的行为已被行政机关发现或正在接受调查，那么无论后续是否取得施工许可，该违法行为都将受到相应的行政处罚。
- 若在取得施工许可后，行政机关才发现之前的擅自施工行为，且该行为未超过处罚时效（即二年或五年，视情况而定），则行政机关仍可对该违法行为进行处罚。但需注意，如果擅自施工行为与后续取得施工许可后的施工行为是连续的，且整体上符合施工许可的要求，行政机关在处罚时可能会考虑这一因素，但擅自施工的部分仍可能受到处罚。
特殊情况下的处罚时效：
- 如果擅自施工行为造成了严重的后果，如安全事故、环境污染等，且这些后果在较长时间内才被发现或显现，那么处罚时效可能会根据具体情况进行延长。但这种情况需要依据具体的法律法规和案件事实来判断。
法律建议：
- 对于施工单位而言，应严格遵守施工许可制度，未取得施工许可前不得擅自施工。如果因特殊原因需要提前施工，应尽快办理施工许可手续，以避免不必要的法律风险。
- 如果已经发生了擅自施工的行为，且尚未被行政机关发现或查处，施工单位应立即停止施工，并尽快补办施工许可手续。同时，应主动向行政机关说明情况，争取从轻或减轻处罚。
- 在任何情况下，施工单位都应积极配合行政机关的调查和处理工作，如实提供相关证据和资料，以维护自身的合法权益。
总结来说，未取得施工许可擅自施工后又取得施工许可的违法行为的追诉期（或处罚时效）主要取决于违法行为被发现的时间以及是否造成了严重后果。施工单位应严格遵守相关法律法规，避免擅自施工行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。