未取得施工许可擅自施工的违法行为，不适用5年的追溯期，而是适用2年的处罚追溯期限。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与追溯期规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”这一条款明确了行政处罚的一般追溯期限为两年，但在特定情况下，如涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追溯期限可延长至五年。然而，对于未取得施工许可擅自施工的违法行为，并不直接属于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的范畴，因此，一般情况下，其追溯期限应为两年。
具体应用与解释
一般情况下的追溯期：
- 对于未取得施工许可擅自施工的违法行为，如果行政机关在违法行为发生后的两年内未发现，那么根据《行政处罚法》的规定，将不再给予行政处罚。
特殊情况下的追溯期：
- 虽然《行政处罚法》规定了涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为追溯期可延长至五年，但这一规定并不直接适用于未取得施工许可擅自施工的违法行为。除非该违法行为同时满足了涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的条件，否则其追溯期仍为两年。
- 在实践中，未取得施工许可擅自施工的违法行为主要违反的是建筑市场管理秩序，虽然可能间接影响到工程质量、安全等方面，但并不直接构成对公民生命健康安全、金融安全的直接危害。因此，一般情况下，其追溯期不会延长至五年。
法律建议与风险提示
- 及时办理施工许可：建设单位在开工前应确保已取得施工许可证，以避免因未取得施工许可而擅自施工而面临的法律风险。
- 关注追溯期限：如果建设单位确实存在未取得施工许可擅自施工的违法行为，应密切关注行政机关的查处情况，并在追溯期限内积极配合调查处理，以减轻或避免法律责任。
- 咨询专业律师：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
综上所述，未取得施工许可擅自施工的违法行为，在一般情况下，其处罚追溯期限为两年。如有特殊情况或疑问，请直接向我咨询以获取更准确的法律意见。