员工有过违纪行为，仍然可以协商解除合同。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协商解除合同的法律基础

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。这一规定并未将员工是否有违纪行为作为协商解除合同的限制条件。因此，即使员工有过违纪行为，只要双方能够达成一致意见，仍然可以协商解除合同。

2. 违纪行为对协商解除合同的影响

• 不影响协商解除的合法性：员工的违纪行为并不影响双方通过协商方式解除劳动合同的合法性。只要双方自愿、平等地达成协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议就是有效的。
• 可能影响协商条件：虽然违纪行为不影响协商解除的合法性，但可能会成为协商过程中的一个考量因素。用人单位可能会根据员工的违纪情况，提出相应的解除条件，如要求员工承担一定的违约责任或赔偿损失等。员工在协商过程中，也有权就这些条件进行谈判和争取。

3. 协商解除合同的注意事项

• 确保协商过程合法合规：在协商解除合同的过程中，双方应确保协商过程合法合规，避免出现欺诈、胁迫等情形。否则，可能导致协商解除的协议无效。
• 明确解除条件：双方应明确解除合同的具体条件，包括解除时间、经济补偿、违约责任等。这些条件应尽可能具体、明确，以避免后续产生纠纷。
• 签订书面协议：为了保障双方的权益，建议双方签订书面协议，明确约定解除合同的相关事项。书面协议具有更强的法律效力，可以作为后续纠纷解决的依据。

4. 特殊情况下的处理

• 严重违纪行为：如果员工的违纪行为严重到违反用人单位的规章制度或法律法规，用人单位有权依据相关规定单方面解除劳动合同。在这种情况下，虽然协商解除合同的可能性降低，但双方仍然可以尝试通过协商方式解决纠纷。
• 协商不成的情况：如果双方无法就协商解除合同达成一致意见，用人单位或员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。

建议：在协商解除合同的过程中，双方应保持冷静、理性，充分沟通、协商，以达成双方都能接受的解决方案。如果员工对协商解除合同的条件或程序有疑问，或用人单位在协商过程中存在不当行为，员工可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。