存在持股上市公司超过5%但未被认定为关联方的案例，不过这种情况相对特殊且需满足一定条件。以下从不同角度进行分析：

1. 关联方认定的基本标准

根据《企业会计准则第36号——关联方披露》及相关规定，关联方通常包括：

• 直接或间接控制企业的其他企业（如母公司、子公司）；
• 与企业受同一母公司控制的其他企业（如兄弟公司）；
• 对企业实施共同控制的投资方；
• 对企业施加重大影响的投资方（通常持股20%以上，但非绝对标准）；
• 企业或其母公司的关键管理人员及与其关系密切的家庭成员等。

持股超过5%但未被认定为关联方的情况，可能发生在以下场景：

• 无控制、共同控制或重大影响：若股东仅持股超过5%，但未参与公司经营管理、未对公司决策产生重大影响（如无董事会席位、无特殊协议安排），则可能不被认定为关联方。
• 协议安排排除关联关系：双方通过协议明确排除关联关系（如独立董事协议、无控制权声明），且实际履行中无关联交易行为。
• 监管豁免或特殊认定：某些行业或监管环境下，可能对关联方认定有特殊规则（如证券监管对特定股东的豁免）。

2. 实际案例参考

• 案例1：被动投资者
  某上市公司第二大股东持股8%，但仅为财务投资者，未参与董事会决策，无关联交易。监管机构在审核中未将其认定为关联方，因其行为符合“被动投资者”特征。

• 案例2：协议隔离
  两家上市公司同属某集团，但通过协议明确隔离经营决策（如独立运营、无资金往来）。尽管集团间接持股均超过5%，但因无实际控制或共同控制，未被认定为关联方。

• 案例3：监管特殊认定
  某行业（如金融）对关联方认定有额外标准，如仅将持股10%以上且存在业务往来的股东认定为关联方。此时，持股5%-10%且无业务往来的股东可能被排除。

3. 风险提示与建议

• 合规性审查：即使未被认定为关联方，若股东与公司存在实际控制、共同控制或重大影响，仍可能被监管机构事后追认关联关系，需定期自查。
• 协议与披露义务：若通过协议排除关联关系，需确保协议合法有效，且实际履行中无关联交易行为，否则可能面临虚假披露风险。
• 行业与监管差异：不同行业、不同监管环境下关联方认定标准可能不同，需结合具体规则判断。

总结：持股上市公司超过5%但未被认定为关联方是可能的，但需满足无控制、共同控制或重大影响等条件，且需关注行业与监管规则。若有具体案例或进一步疑问，可直接向我咨询。