协议中约定发票入账后甲方30天结算的条款，在符合法律规定且不违背公序良俗的情况下，通常是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、条款的合法性

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容。因此，只要该结算条款是双方真实意思的表示，且不违反上述原则，就是合法的。

2. 发票入账与结算的关系：发票入账是财务流程中的一个环节，它证明了交易的真实性和合法性。将发票入账作为结算的前提条件，并在协议中明确约定结算期限，是合同双方对交易流程和风险控制的合理安排，不违反法律规定。

二、条款的有效性

1. 明确性：该条款明确约定了发票入账后甲方应在30天内进行结算，这种明确性有助于减少合同履行过程中的争议和不确定性。

2. 可执行性：只要甲方在收到符合规定的发票并完成入账手续后，能够在30天内履行结算义务，该条款就是可执行的。如果甲方未能按时结算，则构成违约，应承担相应的违约责任。

三、可能存在的风险及防范

1. 发票的合规性：乙方应确保提供的发票符合税法规定，否则可能导致发票无法入账，进而影响结算。因此，乙方在开具发票时应严格遵守税法规定，确保发票的真实性和合法性。

2. 结算期限的合理性：虽然30天的结算期限在一般情况下是合理的，但如果考虑到交易规模、行业惯例等因素，该期限可能过长或过短。因此，在签订协议时，双方应根据实际情况合理约定结算期限。

3. 违约责任的约定：为了保障协议的履行，双方应在协议中明确约定违约责任。例如，可以约定如果甲方未能按时结算，应支付违约金或赔偿乙方因此遭受的损失。

四、实际操作建议

1. 在签订协议前，双方应充分沟通并明确各自的权利和义务，确保协议条款的明确性和可执行性。

2. 在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，并及时沟通解决可能出现的问题。

3. 如果发生争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

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