在雇员遭受第三人侵害的情况下，诉讼主体的确定需根据具体情形来分析，主要有以下两种情况：
雇员直接起诉第三人：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，雇员在执行工作任务过程中遭受第三人侵害的，有权直接向第三人提起侵权诉讼，要求第三人承担侵权责任。
- 诉讼主体：在此情况下，诉讼主体为雇员（原告）和第三人（被告）。雇员作为受害方，有权要求第三人赔偿因侵害行为造成的损失，包括医疗费、误工费、残疾赔偿金等。
雇员选择起诉雇主，再由雇主向第三人追偿（或雇主直接承担责任后向第三人追偿）：
- 法律依据：虽然雇员可以直接起诉第三人，但在某些情况下，雇员可能选择先起诉雇主，要求雇主承担工伤赔偿责任。这通常发生在雇员认为雇主在安全管理、工作环境等方面存在过错，导致雇员遭受第三人侵害。然而，根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，雇主在承担赔偿责任后，如果认为第三人有过错，有权向第三人追偿。
- 诉讼主体及流程：
- 第一阶段：雇员起诉雇主，诉讼主体为雇员（原告）和雇主（被告）。法院将审理雇员是否构成工伤，以及雇主是否应承担赔偿责任。
- 第二阶段（如雇主承担责任后）：雇主向第三人提起追偿诉讼，诉讼主体为雇主（原告）和第三人（被告）。法院将审理第三人是否存在过错，以及雇主是否有权向第三人追偿。
特殊情况说明：
- 如果雇员的损害是由第三人和雇主共同造成的，那么雇员可以同时起诉第三人和雇主，要求他们共同承担赔偿责任。在此情况下，诉讼主体为雇员（原告）、第三人（被告一）和雇主（被告二）。
- 另外，如果雇员与雇主之间存在劳动合同关系，且雇员的损害被认定为工伤，那么雇员还可以根据《工伤保险条例》的规定，享受工伤保险待遇。但这并不影响雇员向第三人提起侵权诉讼的权利。
建议：
- 在雇员遭受第三人侵害的情况下，建议雇员首先收集相关证据，如医疗记录、现场照片、证人证言等，以证明侵害事实和损失情况。
- 然后，根据具体情况选择合适的诉讼策略，是直接起诉第三人，还是先起诉雇主再追偿，或者同时起诉第三人和雇主。
- 在诉讼过程中，建议雇员咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。