针对您提出的“职务侵占2万元如何处理，且款项已还清”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律定性
根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。在多数地区，职务侵占罪的立案追诉标准通常在6万元以上。因此，职务侵占2万元在多数情况下并未达到刑事立案标准，不构成职务侵占罪。但需注意，具体立案标准可能因地区或司法实践的不同而有所差异。
二、处理流程与后果
公司内部处理：
- 调查核实：公司发现职务侵占行为后，应立即展开内部调查，收集相关证据，如财务记录、监控录像、证人证言等。
- 纪律处分：依据公司规章制度或《劳动合同法》的相关规定，公司可以对涉事员工进行纪律处分，如警告、罚款、降职、撤职或解除劳动合同等。由于款项已还清，公司在处理时可能会考虑这一因素，但纪律处分仍可能根据具体情况进行。
- 民事追偿：尽管款项已还清，但公司仍有权通过协商或诉讼途径要求涉事员工确认返还行为的有效性，并可能就因侵占行为导致的其他损失（如调查费用、法律费用等）进行追偿。不过，在款项已还清且无其他损失的情况下，这一步骤可能并非必需。
行政处罚可能性：
- 如果职务侵占行为未达到刑事责任标准，但违反了治安管理规定（如伪造文件、威胁他人配合侵占等），涉事员工可能面临行政处罚，如拘留、罚款等。
刑事责任风险：
- 尽管职务侵占2万元在多数情况下不构成犯罪，但如果存在多次侵占、手段恶劣或造成严重后果等情节，司法机关可能综合认定需追究刑事责任。不过，在您描述的情况下，由于款项已还清且未提及其他恶劣情节，这一风险相对较低。
三、建议措施
对于公司：
- 完善财务制度，加强内部审计和监控，防止类似事件再次发生。
- 发现职务侵占行为后，及时固定证据并咨询专业律师，评估追责方案。
- 在款项已还清的情况下，可以考虑与涉事员工进行和解，但需确保和解协议的法律效力。
对于涉事员工：
- 主动退还侵占款项并表达悔意，争取从轻处理。
- 如被指控或面临调查，积极配合并提供相关证据，委托专业律师进行辩护。
- 认识到自己的错误并采取措施改正，以避免未来再次陷入类似法律困境。
四、总结与行动指南
核心结论：职务侵占2万元在多数情况下按民事纠纷或违纪处理，不构成刑事犯罪。但需警惕叠加情节导致的刑事责任风险。
行动指南：
- 对于公司而言，应及时取证、依法维权，并考虑完善内部管理制度以防止类似事件再次发生。
- 对于涉事员工而言，应主动纠错、积极配合调查，并寻求专业法律帮助以争取良好处理结果。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何进一步的问题或需要法律方面的专业建议，请随时咨询。