结论：在别人租赁的工厂再注册自己的个体户，其合法性取决于工厂产权人的意愿以及租赁合同中的相关约定。
分析：
产权人意愿：
- 工厂作为不动产，其产权归属是明确的。若您希望在已租赁的工厂内注册个体户，首先需要获得工厂产权人的明确同意。因为注册个体户可能会涉及到工厂的使用性质变更、安全责任划分等一系列问题，这些都需要产权人的参与和确认。
租赁合同约定：
- 租赁合同是租赁双方权利和义务的书面约定。在签订租赁合同时，双方应明确工厂的使用范围、用途以及是否允许承租人在工厂内注册其他经济实体等条款。
- 如果租赁合同中明确禁止承租人在工厂内注册其他经济实体，那么您在此情况下注册个体户就是违法的，可能会面临违约责任和法律纠纷。
- 如果租赁合同中没有相关禁止条款，或者明确允许承租人在工厂内注册其他经济实体，那么您在此情况下注册个体户就是合法的。
法律后果：
- 如果未经产权人同意或违反租赁合同约定在工厂内注册个体户，可能会面临产权人的索赔、租赁合同的解除以及行政处罚等法律后果。
- 此外，如果注册个体户的行为影响到工厂的安全使用或违反了相关法律法规，还可能会面临更严重的法律责任。
建议：
- 在考虑在别人租赁的工厂内注册个体户之前，务必先与工厂产权人进行充分沟通，并查看租赁合同中的相关约定。
- 如果产权人同意且租赁合同中没有禁止条款，那么您可以按照相关法律法规和程序进行个体户的注册。
- 如果产权人不同意或租赁合同中有禁止条款，那么您应尊重产权人的意愿和租赁合同的约定，避免进行违法注册行为。
总结：在别人租赁的工厂再注册自己的个体户并非绝对合法或非法，而是取决于工厂产权人的意愿以及租赁合同中的相关约定。因此，在做出决定之前，请务必进行充分的沟通和了解。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。