结论前置：公司已经补发了克扣的工资后，您仍然有可能申请被迫离职，但具体能否成功申请并获得经济补偿，需结合实际情况判断，关键在于公司克扣工资的行为是否曾对您造成实质性影响，以及您是否已履行了相应的法律程序。

详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。这一条款明确赋予了劳动者在用人单位存在违法行为时的被迫离职权。同时，根据该法第四十六条的规定，劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。

二、具体情况分析

1. 公司克扣工资后已补发，但曾对您造成实质性影响：

   • 如果公司之前克扣工资的行为已经对您造成了实质性的影响，如影响了您的正常生活、造成了经济损失或精神压力等，且您能够提供相关证据证明这一点，那么即使公司后来补发了工资，您仍然有权以公司之前克扣工资为由申请被迫离职，并要求公司支付经济补偿。
   • 在此情况下，您需要保留好之前公司克扣工资的证据，如工资条、银行流水明细、与公司沟通的记录等，以便在申请劳动仲裁或提起诉讼时证明公司的违法行为。

2. 公司克扣工资后已补发，且未对您造成实质性影响：

   • 如果公司克扣工资的行为并未对您造成实质性的影响，或者您无法提供相关证据证明公司之前的行为对您造成了影响，那么在公司补发工资后，您再以公司克扣工资为由申请被迫离职并要求经济补偿，可能会面临一定的困难。
   • 在此情况下，虽然您仍然有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，但成功获得经济补偿的可能性会相对较低。

三、操作建议

1. 保留证据：

   • 无论公司是否已经补发了克扣的工资，您都应保留好所有与工资相关的证据，包括工资条、银行流水明细、与公司沟通的记录等。这些证据在后续的劳动仲裁或诉讼中将起到至关重要的作用。

2. 书面通知用人单位：

   • 如果您决定申请被迫离职，应以书面形式向用人单位发出被迫解除劳动合同通知书，明确指出因公司之前克扣工资而依据法律规定提出解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。为确保通知的有效性，建议通过邮政特快专递（EMS）发送，并在快递单上注明“被迫解除劳动合同通知书”字样，同时保留好快递回执作为证据。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果与用人单位就克扣工资及被迫离职相关事宜无法协商解决，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序来寻求最终的解决方案。

总结：公司已经补发了克扣的工资后，您是否可以申请被迫离职并获得经济补偿，需结合实际情况判断。如果您能够提供证据证明公司之前克扣工资的行为对您造成了实质性影响，那么您仍然有权申请被迫离职并要求经济补偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。