结论：在加盟店合同中未明确约定三公里保护条款的情况下，能否起诉取决于多种因素，包括但不限于合同的整体内容、双方的实际履行情况、是否存在口头约定或行业惯例等。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同内容分析：

   • 书面合同：首先，要仔细审查加盟店合同的所有条款，看是否有其他条款间接涉及或暗示了三公里保护的内容。例如，合同中可能有关于加盟店选址、独家经营权、竞争限制等条款，这些条款可能间接与三公里保护相关。
   • 口头约定：如果书面合同中没有明确约定，但双方在签订合同过程中或之后有口头约定三公里保护，且该口头约定得到了双方的实际履行，那么该口头约定也可能具有法律效力。然而，口头约定的证明难度较大，需要充分的证据支持。

2. 实际履行情况：

   • 双方行为：观察双方在实际履行合同过程中的行为，看是否存在一方默认或实际遵守了三公里保护的原则。例如，如果加盟商在选址时主动避开了其他加盟店的三公里范围，且总部对此未提出异议，这可能表明双方存在实际的三公里保护约定。
   • 行业惯例：如果加盟行业存在普遍的三公里保护惯例，且该惯例在行业内被广泛接受和遵守，那么即使合同中没有明确约定，也可能被视为双方之间的默示约定。

3. 法律后果与起诉可能性：

   • 起诉基础：如果经过分析，认为存在三公里保护的约定（无论是书面、口头还是行业惯例），但对方违反了该约定，那么加盟商有权向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。
   • 证据收集：在起诉前，加盟商需要收集充分的证据来证明三公里保护约定的存在以及对方的违约行为。这可能包括合同文本、口头约定的录音或书面记录、双方的实际履行情况证明、行业惯例的证据等。
   • 诉讼风险：然而，如果合同中确实没有明确约定三公里保护，且没有其他证据证明双方存在该约定，那么加盟商起诉的成功率可能会较低。因为法院在审理案件时，主要依据的是书面合同和双方的实际履行情况。

4. 建议与行动：

   • 协商解决：在起诉前，建议加盟商先尝试与总部进行协商，看是否能够通过友好方式解决争议。这不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方之间的合作关系。
   • 法律咨询：如果协商无果，加盟商可以寻求专业律师的法律咨询，了解自己的权利和义务，以及起诉的可能性和风险。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律分析和建议。
   • 准备证据：如果决定起诉，加盟商需要尽快收集并整理相关证据，以便在诉讼过程中支持自己的主张。

总结：在加盟店合同中未明确约定三公里保护条款的情况下，能否起诉取决于多种因素。如果你认为存在三公里保护的约定且对方违反了该约定，建议先尝试协商解决；如果协商无果，可以寻求专业律师的法律咨询并准备相关证据以支持自己的主张。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。